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Visium空间转录组聚类与细胞整合分析

共计 30 章节
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01
空间转录组学概述
背景 · 技术与应用
空间转录组学概述背景
02
Visium技术原理
10x Visium平台的工作流程
Visium技术原理
03
实验设计
样本制备 · 切片 · 探针与测序
实验设计样本制备
04
Visium数据格式
空间barcode · UMI · 基因表达矩阵
Visium数据格式
05
分析环境搭建
Python · R · Seurat
分析环境搭建Python
06
数据导入与初步探索
读取10x H5或MEX文件
数据导入初步探索
07
质量控制
UMI计数 · 基因数 · 线粒体比例筛选
质量控制UMI
08
过滤与标准化
去除低质量点与基因 · 对数标准化
过滤标准化
09
高变基因选择
识别高变基因用于下游分析
高变基因选择识别高变基因用于…
10
主成分分析(PCA)
降维与特征提取
PCA主成分分析
11
t-SNE与UMAP
非线性降维可视化
t-SNEUMAP
12
聚类算法介绍
Louvain · Leiden · K-means等
聚类算法介绍Louvain
13
基于图聚类的Louvain算法实现
基于图聚类的Louvain算法实现 · 核心概念 · 实践要点
Louvain基于图聚类的
14
基于图聚类的Leiden算法实现
基于图聚类的Leiden算法实现 · 核心概念 · 实践要点
Leiden基于图聚类的
15
聚类参数调优
分辨率选择与评估
聚类参数调优分辨率选择
16
可视化聚类结果
空间坐标映射与散点图
可视化聚类结果空间坐标映射
17
空间特征表达
绘制特定基因的空间分布
空间特征表达绘制特定基因的空…
18
差异表达分析
找出簇间差异基因
差异表达分析找出簇间差异基因
19
细胞类型注释
基于marker基因的自动或手动注释
细胞类型注释marker
20
空间邻域分析
计算空间自相关与邻域组成
空间邻域分析计算空间自相关
21
空间区域识别
使用聚类或分割方法识别组织区域
空间区域识别使用聚类或分割方…
22
空间转录组数据整合
合并多个切片数据
空间转录组数据整…合并多个切片数据
23
批次效应校正
Harmony · Seurat CCA等方法
批次效应校正Harmony
24
空间轨迹推断
分析细胞状态沿空间的变化
空间轨迹推断分析细胞状态沿空…
25
配体-受体相互作用分析
预测细胞通讯
配体受体相互作用分析
26
基因共表达网络
识别空间共表达模块
基因共表达网络识别空间共表达模…
27
空间转录组与单细胞数据整合
映射细胞类型
空间转录组单细胞数据整合
28
实战案例
人类乳腺癌空间转录组聚类分析
实战案例人类乳腺癌空间转…
29
实战案例
小鼠脑切片空间聚类与区域划分
实战案例小鼠脑切片空间聚…
30
总结与进阶
当前方法的局限性及未来方向
进阶当前方法的局限性