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BayesSpace与SpaGCN空间聚类选型评估

共计 30 章节
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01
空间转录组技术与应用概述
空间转录组技术与应用概述 · 核心概念 · 实践要点
空间转录组技术应用概述
02
BayesSpace算法原理与数学模型
BayesSpace算法原理与数学模型 · 核心概念 · 实践要点
BayesSpace算法原理
03
SpaGCN算法原理与图卷积网络基础
SpaGCN算法原理与图卷积网络基础 · 核心概念 · 实践要点
SpaGCN算法原理
04
两种算法核心假设对比分析
两种算法核心假设对比分析 · 核心概念 · 实践要点
两种算法核心假设…重点
05
安装与配置环境
Python · R · Conda
安装配置环境
06
BayesSpace的安装与数据准备
BayesSpace的安装与数据准备 · 核心概念 · 实践要点
BayesSpace的安装
07
SpaGCN的安装与依赖管理
SpaGCN的安装与依赖管理 · 核心概念 · 实践要点
SpaGCN的安装
08
空间转录组数据格式
H5AD · Seurat · STARmap
空间转录组数据格…H5AD
09
数据预处理
质量控制 · 归一化 · 基因筛选
数据预处理质量控制
10
BayesSpace空间聚类实战步骤详解
BayesSpace空间聚类实战步骤详解 · 核心概念 · 实践要点
BayesSpace空间聚类实战步骤…
11
BayesSpace结果可视化
聚类图 · 基因表达图
BayesSpace结果可视化
12
SpaGCN空间聚类实战步骤详解
SpaGCN空间聚类实战步骤详解 · 核心概念 · 实践要点
SpaGCN空间聚类实战步骤…
13
SpaGCN结果可视化与空间域识别
SpaGCN结果可视化与空间域识别 · 核心概念 · 实践要点
SpaGCN结果可视化
14
参数调优
BayesSpace的迭代次数 · 邻域大小
参数调优BayesSpace
15
参数调优
SpaGCN的学习率 · 层数 · 正则化
参数调优SpaGCN
16
算法选择依据
数据规模与分辨率
算法选择依据数据规模
17
算法选择依据
组织类型与空间复杂性
算法选择依据组织类型
18
性能评估指标
ARI · NMI · 轮廓系数
性能评估指标ARI
19
计算效率对比
GPU加速 · 内存消耗
计算效率对比GPU
20
多平台适配
CPU vs GPU 环境配置
多平台适配CPU
21
实际案例
人类DLPFC数据集的比较分析
实际案例DLPFC
22
实际案例
小鼠脑立体定位数据的应用
实际案例小鼠脑立体定位数…
23
实际案例
肿瘤微环境空间图谱分析
实际案例肿瘤微环境空间图…
24
集成与扩展
使用Scanpy与Seurat联动
集成扩展
25
常见错误与调试
内存溢出 · 收敛失败
常见错误调试
26
版本更新与兼容性注意事项
版本更新与兼容性注意事项 · 核心概念 · 实践要点
版本更新兼容性注意事项
27
结果可视化进阶
交互式图表 · 热图
结果可视化进阶交互式图表
28
撰写算法选择报告
对比表与决策树
撰写算法选择报告对比表
29
未来趋势
空间转录组与多模态融合
未来趋势空间转录组
30
课程总结与实战项目建议
课程总结与实战项目建议 · 核心概念 · 实践要点
课程总结实战项目建议