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本课程属于：009-Visium空间转录组聚类 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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Conda部署Visium空间转录组分析工具链

共计 30 章节
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01
Conda基础
Conda是什么？Anaconda与…
CondaAnaconda
02
Conda安装与配置
Windows/macOS/Linu… · 配置镜像源加速
Conda安装
03
Conda核心概念
环境 · 虚拟环境 · 包管理器
Conda核心概念
04
环境管理基础
创建环境 · 激活/停用环境 · 删除环境
环境管理基础创建环境
05
包管理命令
安装/更新/删除包 · 使用conda install与pi…
包管理命令安装
06
环境导出与复现
conda env export · environment.yml文件编…
环境导出复现
07
Visium工具链概述
Space Ranger · Loupe Browser · STARsolo
Visium工具链概述
08
Space Ranger安装
系统依赖要求 · Conda环境创建 · 安装Space Ranger（手动下…
SpaceRanger
09
Space Ranger实战配置
配置参考基因组索引 · 自身测序数据路径 · 运行参数说明
SpaceRanger
10
Space Ranger输出解析
BAM · FASTQ · H5
SpaceRanger
11
STARsolo环境构建
Conda安装STARsolo · 配置Solo选项处理Visium数据
STARsolo环境构建
12
STARsolo双端比对
参数调优 · 基因表达矩阵生成 · 与Space Ranger结果对比
STARsolo双端比对
13
Scanpy与Seurat环境配置
Conda安装Scanpy · Seurat（R包） · 相关依赖（numpy
ScanpySeurat
14
Seurat安装避坑
R与Conda的版本兼容性 · BiocManager安装依赖 · libhdf5问题
Seurat安装避坑
15
Scanpy环境深化
使用mamba加速安装 · 解决h5py · leidenalg等编译问题
Scanpy环境深化
16
Python基础环境
Conda创建Python 3.9环… · 安装jupyter · matplotlib
Python基础环境
17
Squidpy安装
空间转录组学专用包 · Conda与pip混合安装 · GLIBC版本检查
Squidpy安装
18
Visium数据预处理环境
合并多个样本 · batch correction工具… · BBKNN）的Conda安装
Visium数据预处理环境
19
Conda环境复制与克隆
conda create --clo… · 环境迁移常见问题
Conda环境复制
20
多版本管理
在同一台机器上维护多个Visium分…
多版本管理Visium
21
GPU支持配置
如何让Conda环境识别CUDA · 安装rapids · cupy用于加速分析
GPU支持配置
22
Conda与Docker结合
Dockerfile中安装Minic… · 封装Visium工具链镜像
CondaDocker
23
环境调试技巧
conda list · conda info · 解决依赖冲突（libmamba so…
环境调试技巧conda
24
pip与conda混合使用规范
何时用pip · 何时用conda · 避免依赖魔咒
pipconda
25
Conda环境离线部署
下载包到本地 · 内网环境下搭建Visium工具链
Conda环境离线部署
26
Jupyter Kernel配置
为每个Visium环境添加IPyth… · 切换内核
JupyterKernel
27
环境变量与PATH管理
Conda环境激活后如何影响系统PA… · 警惕冲突
PATH环境变量
28
持续集成与CI/CD
在GitHub Actions中使用…
CI/CD持续集成
29
Conda环境清理
删除未用包 · conda clean --all · 释放磁盘空间
Conda环境清理
30
项目实战
从原始FASTQ到空间转录组分析全流…
项目实战FASTQ