生物信息学与 AI 制药工程
GATK变异调用实践、Seurat单细胞聚类分析、AlphaFold蛋白结构预测、AutoDock分子对接筛选
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实验技术与数据分析 16 个合集
- 002-Seurat单细胞聚类分析20 门课程
课程示例:《Leiden聚类参数搜索与稳定性评估》;《Louvain与Leiden聚类算法及稳定性对比》
- 007-多组学数据整合管线20 门课程
课程示例:《Conda与Docker组学计算环境复现》;《Conda依赖锁定与生信流程可复现验证》
- 008-RNA-seq差异表达分析20 门课程
课程示例:《Conda复现RNA-seq差异分析流程》;《DESeq2与edgeR差异结果偏差归因》
- 010-宏基因组物种丰度分析20 门课程
课程示例:《Conda环境依赖版本锁定与容器复现》;《Kraken2与MetaPhlAn丰度分析效果对比》
- 015-BLAST基因组功能注释20 门课程
课程示例:《BLAST人类基因组注释与结果验证》;《BLAST内存容量规划与云端资源调优》
- 019-单细胞空间整合分析20 门课程
课程示例:《10x Visium数据分析从入门到精通》;《CellTrek细胞空间定位与批次校正》
- 028-多组学平台质控20 门课程
课程示例:《CI/CD质量门禁与自动化测试流水线》;《ComBat批次效应建模与Python实现》
- 029-RNA-seq表达分析批次质控20 门课程
课程示例:《ComBat与RUV批次校正方法对比与选择》;《Conda创建RNA-seq分析环境实战指南》
- 031-宏基因组分析批次质控20 门课程
课程示例:《ComBat多批次数据校正与协变量建模》;《Conda质控环境依赖安全审计与复现验证》
- 032-蛋白质组学批次质控20 门课程
课程示例:《ComBat多批次质谱数据校正与验证》;《DIANN质谱批次质控与分析报告》
- 036-基因组注释批次质控20 门课程
课程示例:《BLAST与InterProScan联合注释结果质控》;《BLAST双向比对结果一致性批量校验》
- 046-RNA-seq表达分析特征学习任务20 门课程
课程示例:《DESeq2差异表达数据建模与结果检验》;《DESeq2结果解读与特征标记筛选指南》
- 048-宏基因组分析特征学习任务20 门课程
课程示例:《AUC与混淆矩阵在宏基因组中应用》;《Conda环境搭建与复制方法资料》
- 049-蛋白质组学特征学习任务20 门课程
课程示例:《ComBat校正实战:消除实验批次差异》;《Docker容器化质谱样本批量处理流程》
- 052-基因组注释特征学习任务20 门课程
课程示例:《BLAST比对特征的可视化与评估方法》;《BLAST结果特征构建与模型训练实战》
- 058-宏基因组物种丰度可视化20 门课程
课程示例:《Centrifuge与Kraken2分类性能对比解析》;《Docker部署Kraken2分析流程》
研究与医疗应用 5 个合集
- 004-AutoDock分子对接筛选20 门课程
课程示例:《AutoDock Vina依赖安装与环境故障排查》;《AutoDock Vina分子对接配置与参数优化》
- 005-AI药物发现靶点筛选20 门课程
课程示例:《AI模型自动超参数搜索与性能评估》;《AI模型训练参数锁定与实验复现验证》
- 026-分子对接筛选批次质控20 门课程
课程示例:《AutoDock Vina参数批次一致性检查教程》;《AutoDock Vina对接重现性与结果校验》
- 037-临床生信报告批次质控20 门课程
课程示例:《ACMG变异解读跨批次一致性校验与溯源》;《ACMG变异解读跨批次证据差异审计》
- 044-分子对接筛选特征学习任务20 门课程
课程示例:《AutoDock Vina参数优化与特征构建协同实战》;《AutoDock Vina安装与配置指南》
其他专题 39 个合集
- 001-GATK变异调用实践20 门课程
课程示例:《ANNOVAR与VEP变异注释可视化及批量分析》;《Conda与Docker可复现生信环境锁定及部署》
- 003-AlphaFold蛋白结构预测20 门课程
课程示例:《AlphaFold与RoseTTAFold结构预测模型对比》;《AlphaFold在抗体设计中的应用》
- 006-受监管生信工作流审计20 门课程
课程示例:《ALCOA数据完整性与生信工作流合规治理》;《Conda与容器依赖锁定及生信合规审计》
- 009-Visium空间转录组聚类20 门课程
课程示例:《BayesSpace与SpaGCN空间聚类选型评估》;《BayesSpace空间聚类算法应用案例》
- 011-MaxQuant蛋白质组定量20 门课程
课程示例:《Conda管理MaxQuant依赖与版本回滚》;《MaxQuant LFQ与TMT蛋白定量分析》
- 012-Nextflow生信工作流编排20 门课程
课程示例:《CI CD集成自动化测试Nextflow流程》;《FASTQ到表达矩阵与差异分析工作流》
- 013-GROMACS轨迹模拟20 门课程
课程示例:《GROMACS分子动力学模拟参数配置与分析》;《GROMACS轨迹分析Pipeline实践》
- 014-ADMET性质预测模型20 门课程
课程示例:《ADMET分子特征筛选与预测模型建模》;《ADMET吸收性质深度学习建模实战》
- 016-Cromwell WDL云端工作流20 门课程
课程示例:《BWA与GATK全基因组变异检测工作流》;《Cromwell Call Caching故障诊断》
- 017-ACMG变异解读报告20 门课程
课程示例:《ACMG变异分类标准与临床病例解读》;《ACMG变异分类证据评估与标准应用》
- 018-药物靶点知识图谱20 门课程
课程示例:《BioBERT药物靶点关系抽取与分类》;《Neo4j药物靶点知识图谱构建与查询优化》
- 020-SMILES分子生成建模20 门课程
课程示例:《CI/CD管线环境配置与凭证安全管理》;《GPU内存优化与训练加速》
- 021-蛋白配体结合自由能估计20 门课程
课程示例:《FEP与伞形采样自由能估计方法比较》;《FEP结合自由能计算工作流构建与验证》
- 022-生物样本元信息治理20 门课程
课程示例:《FASTQ元数据命名规则与批量校验》;《FASTQ头信息解析与元数据关联》
- 023-NGS变异流程批次质控20 门课程
课程示例:《GATK变异检测关键节点与流程质控》;《GATK变异检测参数优化与结果质控》
- 024-单细胞转录组批次质控20 门课程
课程示例:《10x与Drop-seq单细胞批次整合与评估》;《10x与Drop-seq跨平台单细胞整合分析》
- 025-蛋白结构预测批次质控20 门课程
课程示例:《AlphaFold Dropout参数调优指南》;《AlphaFold pLDDT结构置信度分析与可视化》
- 027-AI药物发现批次质控20 门课程
课程示例:《AI药物发现多批次结果统计验证》;《AI药物发现批次质控故障诊断与迁移》
- 030-空间转录组批次质控20 门课程
课程示例:《CICD测试空间质控流程稳定性》;《ComBat空间转录组批次校正与质量验证》
- 033-生信工作流批次质控20 门课程
课程示例:《ComBat批次效应检测与校正效果验证》;《Docker生信工作流镜像校验与安全质控》
- 034-分子动力学批次质控20 门课程
课程示例:《GROMACS分子模拟批处理与调度自动化》;《GROMACS分子轨迹周期边界处理与修复》
- 035-ADMET预测批次质控20 门课程
课程示例:《ADMET分子描述符PCA降维与数据质控》;《ADMET分子描述符计算与一致性校验》
- 038-药物知识图谱批次质控20 门课程
课程示例:《Python批次效应校验工具实战教程》;《Python批次质控工具详解》
- 039-单细胞空间整合批次质控20 门课程
课程示例:《10x Visium与Slide-seq数据整合实践》;《CellChat分析批次效应消除方法》
- 040-化合物生成模型批次质控20 门课程
课程示例:《Docker多批次结果校验实战》;《Docker容器批次校验流程实践》
- 041-NGS变异流程特征学习任务20 门课程
课程示例:《ANNOVAR数据库集成应用解析》;《FASTQ质量评估与过滤实操指南》
- 042-单细胞转录组特征学习任务20 门课程
课程示例:《CuPy加速聚类与模型训练指南》;《GPU加速降维:RAPIDS实战案例》
- 043-蛋白结构预测特征学习任务20 门课程
课程示例:《AlphaFold EvoFormer特征解析》;《AlphaFold特征调优指南》
- 045-AI药物发现特征学习任务20 门课程
课程示例:《AUC与RMSE评估指标详解》;《GAT注意力机制在分子图中的应用》
- 047-空间转录组特征学习任务20 门课程
课程示例:《ARI与NMI评估指标应用案例》;《AnnData对象在特征学习中的应用》
- 050-分子动力学特征学习任务20 门课程
课程示例:《DBSCAN构象状态划分方法》;《GROMACS坐标对齐与周期性修正实战》
- 051-ADMET预测特征学习任务20 门课程
课程示例:《ADMET分子描述符特征工程入门教程》;《ADMET分子数据预处理Snakemake教程》
- 053-药物知识图谱特征学习任务20 门课程
课程示例:《ComplEx模型药物关系预测实战》;《DGL框架药物图神经网络实践》
- 054-单细胞空间整合特征学习任务20 门课程
课程示例:《Docker化空间分析流程从零搭建》;《Docker环境标准化处理流程指南》
- 055-化合物生成网络训练20 门课程
课程示例:《Batch Normalization在分子生成中的实践》;《Conda配置分子生成环境指南》
- 056-蛋白配体相互作用特征学习任务20 门课程
课程示例:《MM GBSA自由能估计实战教程》;《PDB数据库获取结构数据全流程指南》
- 057-RNA-seq差异表达可视化20 门课程
课程示例:《DESeq2 vs edgeR可视化效果比较详解》;《DESeq2与edgeR差异可视化对比教程》
- 059-药物知识图谱解读20 门课程
课程示例:《COVID-19药物知识图谱案例》;《SPARQL查询药物图谱教程》
- 060-化合物生成模型结果图谱解读20 门课程
课程示例:《3D构象比对图谱生成与实操》;《ADMET预测与结构关联热图案例》
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