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本课程属于：009-Visium空间转录组聚类 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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BayesSpace空间聚类算法应用案例

共计 30 章节
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01
空间转录组学简介与BayesSpace概述
空间转录组学简介与BayesSpace概… · 核心概念 · 实践要点
BayesSpace空间转录组学简介
02
安装与配置BayesSpace环境
安装与配置BayesSpace环境 · 核心概念 · 实践要点
BayesSpace安装
03
空间转录组数据格式
ST · Visium · Slide-seq
空间转录组数据格…ST
04
数据预处理
质量控制 · 标准化 · 高变基因选择
数据预处理质量控制
05
贝叶斯空间聚类理论基础
贝叶斯空间聚类理论基础 · 核心概念 · 实践要点
贝叶斯空间聚类理…重点
06
马尔可夫链蒙特卡洛（MCMC）与Gibbs采样
马尔可夫链蒙特卡洛（MCMC）与Gibb… · 核心概念 · 实践要点
MCMCGibbs
07
潜在空间模型（LVM）原理详解
潜在空间模型（LVM）原理详解 · 核心概念 · 实践要点
LVM空间模型
08
BayesSpace模型架构与数学推导
BayesSpace模型架构与数学推导 · 核心概念 · 实践要点
BayesSpace模型架构
09
先验分布设置与超参数选择策略
先验分布设置与超参数选择策略 · 核心概念 · 实践要点
先验分布设置超参数选择策略
10
后验推断与算法收敛诊断
后验推断与算法收敛诊断 · 核心概念 · 实践要点
后验推断算法收敛诊断
11
空间邻域矩阵定义与聚类数确定
空间邻域矩阵定义与聚类数确定 · 核心概念 · 实践要点
空间邻域矩阵定义聚类数确定
12
使用BayesSpace对10x Visium乳腺癌数据聚类
使用BayesSpace对10x Vis… · 核心概念 · 实践要点
BayesSpaceVisium
13
使用BayesSpace对Slide-seq小鼠海马数据聚类
使用BayesSpace对Slide-s… · 核心概念 · 实践要点
BayesSpaceSlide-seq
14
使用BayesSpace对MERFISH小鼠下丘脑数据聚类
使用BayesSpace对MERFISH… · 核心概念 · 实践要点
BayesSpaceMERFISH
15
聚类结果可视化
空间散点图与UMAP降维
聚类结果可视化UMAP
16
聚类质量评估
ARI · NMI · 轮廓系数
聚类质量评估ARI
17
参数调优
邻域大小 · 迭代次数与初始聚类数
参数调优邻域大小
18
处理批次效应
多切片数据整合与Harmony
处理批次效应Harmony
19
多切片联合空间域识别案例
多切片联合空间域识别案例 · 核心概念 · 实践要点
多切片联合空间域…重点
20
空间可变基因检测与BayesSpace结合
空间可变基因检测与BayesSpace结… · 核心概念 · 实践要点
BayesSpace空间可变基因检测
21
空间域生物学注释与标记基因分析
空间域生物学注释与标记基因分析 · 核心概念 · 实践要点
空间域生物学注释标记基因分析
22
与SpaGCN、stLearn、Giotto等方法比较
与SpaGCN · 核心概念 · 实践要点
SpaGCNstLearn
23
肿瘤微环境空间异质性分析案例
肿瘤微环境空间异质性分析案例 · 核心概念 · 实践要点
肿瘤微环境空间异…重点
24
发育生物学中器官发生过程的空间聚类
发育生物学中器官发生过程的空间聚类 · 核心概念 · 实践要点
发育生物学器官发生过程的空…
25
神经科学中脑区空间图谱构建
神经科学中脑区空间图谱构建 · 核心概念 · 实践要点
神经科学脑区空间图谱构建
26
模型扩展
多模态数据（RNA+蛋白）整合
模型扩展RNA+
27
大规模数据计算优化
子采样与GPU加速
大规模数据计算优…GPU
28
常见错误、调试技巧与性能调优
常见错误、调试技巧与性能调优 · 核心概念 · 实践要点
常见错误调试技巧
29
结果报告
论文级图表生成与代码复现
结果报告论文级图表生成
30
总结与未来方向
BayesSpace v2与深度学习…
未来方向BayesSpace