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Docker部署Visium聚类复现教程

共计 30 章节

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空间转录组学概述与Visium平台介绍

空间转录组学概述与Visium平台介绍 · 核心概念 · 实践要点

Visium空间转录组学概述

聚类分析基础与无监督学习概念

聚类分析基础与无监督学习概念 · 核心概念 · 实践要点

聚类分析基础无监督学习概念

安装与基本命令

Dockerfile编写基础

Dockerfile编写基础 · 核心概念 · 实践要点

Dockerfile编写基础

Docker Compose简介与多容器编排

Docker Compose简介与多容器… · 核心概念 · 实践要点

构建Visium分析专用Docker镜像

构建Visium分析专用Docker镜像 · 核心概念 · 实践要点

下载Visium公共数据集

数据获取Visium

数据预处理

质量控制与过滤

数据预处理质量控制

归一化与标准化方法

归一化与标准化方法 · 核心概念 · 实践要点

归一化标准化方法

高变基因筛选

高变基因筛选 · 核心概念 · 实践要点

高变基因筛选重点

主成分分析（PCA）

聚类算法介绍

K-means · Leiden · Louvain

聚类算法介绍K-means

使用Scanpy进行基础聚类

使用Scanpy进行基础聚类 · 核心概念 · 实践要点

Banksy算法原理

空间聚类Banksy

在Docker中安装Banksy及依赖

在Docker中安装Banksy及依赖 · 核心概念 · 实践要点

运行Banksy聚类（命令行）

运行Banksy聚类（命令行） · 核心概念 · 实践要点

结果可视化

UMAP与空间图

结果可视化UMAP

聚类结果的生物学解释

聚类结果的生物学解释 · 核心概念 · 实践要点

聚类结果的生物学…重点

分辨率与邻域大小

参数调优分辨率

复现文献中的聚类结果

复现文献中的聚类结果 · 核心概念 · 实践要点

复现文献聚类结果

批量处理多个样本

批量处理多个样本 · 核心概念 · 实践要点

批量处理多个样本重点

数据持久化与卷挂载

数据持久化与卷挂载 · 核心概念 · 实践要点

数据持久化卷挂载

容器间通信与多服务编排

容器间通信与多服务编排 · 核心概念 · 实践要点

容器间通信多服务编排

日志记录与错误处理

日志记录与错误处理 · 核心概念 · 实践要点

日志记录错误处理

GPU支持（可选）

性能优化GPU

测试与验证

与已知结果对比

打包与发布镜像到Docker Hub

打包与发布镜像到Docker Hub · 核心概念 · 实践要点

使用Jupyter Notebook在容器内交互分析

使用Jupyter Notebook在容… · 核心概念 · 实践要点

JupyterNotebook

完整工作流自动化（Shell脚本+Compose）

完整工作流自动化（Shell脚本+Com… · 核心概念 · 实践要点

课程总结与下一步学习方向

课程总结与下一步学习方向 · 核心概念 · 实践要点

课程总结下一步学习方向