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本课程属于：039-单细胞空间整合批次质控 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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R包Seurat整合质控完整案例

共计 30 章节
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01
课程介绍与R/RStudio环境配置
课程介绍与R/RStudio环境配置 · 核心概念 · 实践要点
R/RStudio课程介绍
02
Seurat包安装与简介
Seurat包安装与简介 · 核心概念 · 实践要点
Seurat包安装
03
单细胞RNA-seq数据格式与读取
单细胞RNA-seq数据格式与读取 · 核心概念 · 实践要点
RNA-seq单细胞
04
创建Seurat对象与初步探索
创建Seurat对象与初步探索 · 核心概念 · 实践要点
Seurat创建
05
质控指标
nCount_RNA · nFeature_RNA · percent.mt
质控指标nCount
06
质控过滤策略
阈值选择与可视化
质控过滤策略阈值选择
07
数据标准化
NormalizeData与LogN…
数据标准化NormalizeDat…
08
特征选择
FindVariableFeatur…
特征选择FindVariable…
09
数据缩放与PCA降维
数据缩放与PCA降维 · 核心概念 · 实践要点
PCA数据缩放
10
聚类分析
FindNeighbors与Find…
聚类分析FindNeighbor…
11
非线性降维
UMAP与t-SNE可视化
非线性降维UMAP
12
Marker基因鉴定
FindAllMarkers与可视化
Marker基因鉴定
13
细胞类型注释
人工注释与自动化方法
细胞类型注释人工注释
14
批次效应来源识别与诊断
批次效应来源识别与诊断 · 核心概念 · 实践要点
批次效应来源识别诊断
15
整合方法概述
CCA · Harmony · RPCA等
整合方法概述CCA
16
使用Seurat进行多样本整合
SplitObject与Integr…
Seurat使用
17
CCA整合实战
锚点检测与整合
CCA整合实战
18
整合后质控评估
聚类一致性 · 批次混合
整合后质控评估聚类一致性
19
使用Harmony进行整合
RunHarmony与聚类
Harmony使用
20
Harmony整合结果的评估与可视化
Harmony整合结果的评估与可视化 · 核心概念 · 实践要点
Harmony整合结果的评估
21
参考映射整合
FindTransferAnchor…
参考映射整合FindTransfer…
22
双细胞检测工具
DoubletFinder与Scru…
双细胞检测工具DoubletFinde…
23
双细胞检测在整合数据集上的应用
双细胞检测在整合数据集上的应用 · 核心概念 · 实践要点
双细胞检测整合数据集上的应…
24
整合数据集的细胞周期评分与去除
整合数据集的细胞周期评分与去除 · 核心概念 · 实践要点
整合数据集的细胞…去除
25
整合数据集的差异表达分析
整合数据集的差异表达分析 · 核心概念 · 实践要点
整合数据集的差异…重点
26
整合数据集的GO/KEGG富集分析
整合数据集的GO/KEGG富集分析 · 核心概念 · 实践要点
GO/KEGG整合数据集的
27
整合分析实战案例
PBMC数据整合（部分）
整合分析实战案例PBMC
28
整合分析实战案例
PBMC数据整合（完整流程）
整合分析实战案例PBMC
29
整合结果可视化
堆叠小提琴图 · 气泡图 · 特征图
整合结果可视化堆叠小提琴图
30
课程总结与常见问题解答
课程总结与常见问题解答 · 核心概念 · 实践要点
课程总结常见问题解答