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10x Visium与Slide-seq数据整合实践

共计 30 章节
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01
空间转录组学概述
10x Visium与Slide-s… · 优缺点对比
空间转录组学概述Visium
02
数据获取与格式介绍
Visium的HDF5 · 图像文件 · Slide-seq的Bead-lev…
数据获取格式介绍
03
环境配置与工具安装
Seurat · Scanpy · STUtility
环境配置工具安装
04
数据预处理（Visium）
质控指标 · 过滤低质量斑点 · 标准化
Visium数据预处理
05
数据预处理（Slide-seq）
质控 · 过滤低质量beads · 标准化
Slide-seq数据预处理
06
空间坐标与图像对齐
Visium组织切片图像与基因表达矩…
空间坐标图像对齐
07
空间坐标解析
Slide-seq的Bead坐标系统…
空间坐标解析Slide-seq
08
降维与聚类
PCA · t-SNE · UMAP在空间转录组数据上的应用
降维聚类
09
空间区域识别
Louvain/Leiden聚类与空…
空间区域识别Louvain/Leid…
10
整合的必要性
Visium与Slide-seq的互… · 分辨率与覆盖率差异
整合的必要性Visium
11
整合方法总览
基于锚点 · 基于因子模型 · 基于深度学习的策略
整合方法总览基于锚点
12
Seurat IntegrateData函数
CCA降维 · 锚点识别 · 数据校正与整合
SeuratIntegrateDat…
13
Scanpy中的scVI与scANVI
变分自编码器用于跨平台整合
ScanpyscVI
14
STUtility整合流程
从Visium到Slide-seq的…
STUtility整合流程
15
MOFA+多视图因子分析
揭示共享与特异性的空间表达模式
MOFA+多视图因子分析
16
SpatialPCA与空间模式挖掘
提取空间变异的主成分进行整合
SpatialPCA空间模式挖掘
17
空间坐标对齐
基于图像配准（如Elastix）或L…
空间坐标对齐Elastix
18
基于标记基因的一致性评估
定义交集标记 · 计算相关性验证整合效果
基于标记基因的一…定义交集标记
19
整合后的差异表达分析
利用整合数据寻找跨平台保守的差异基因
整合后的差异表达…利用整合数据寻找…
20
整合数据的可视化
空间热图 · 多模态UMAP · 分层聚类展示
整合数据的可视化空间热图
21
细胞类型注释
利用已知marker或参考数据对整合…
细胞类型注释marker
22
空间细胞通讯分析
CellChat在整合数据中的应用与…
空间细胞通讯分析CellChat
23
RNA速度分析
velocyto/scVelo在整合…
RNA速度分析
24
伪时间轨迹推断
Monocle/Slingshot用…
伪时间轨迹推断Monocle/Slin…
25
空间变量基因识别
SpatialDE · SPARK-X在整合数据中的差异空间…
空间变量基因识别SpatialDE
26
共定位与空间模式分析
点模式分析 · Moran‘s I · Getis-Ord Gi*
共定位空间模式分析
27
去卷积精度验证
利用整合数据验证Spot/bead水…
去卷积精度验证Spot/bead
28
案例研究1
小鼠大脑皮层（冠状切片）的Visiu…
案例研究1Visiu
29
案例研究2
人乳腺癌组织的空间异质性整合分析
案例研究2人乳腺癌组织的空…
30
课程总结与未来展望
空间多组学整合（Xenium/MER…
课程总结未来展望