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本课程属于：039-单细胞空间整合批次质控 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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CellChat分析批次效应消除方法

共计 30 章节
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01
课程介绍
单细胞数据集批次效应概述 · 课程目标与学习路径
课程介绍单细胞数据集批次…
02
批次效应来源
实验批次差异 · 测序平台差异 · 样本处理差异等
批次效应来源实验批次差异
03
单细胞数据预处理
细胞质控（QC） · doublet检测 · 过滤低质量细胞
单细胞数据预处理QC
04
标准化与归一化
LogNormalize · SCTransform · NormalizeData等
标准化归一化
05
批次效应可视化
PCA · t-SNE · UMAP投影对比批次标记
批次效应可视化PCA
06
批次效应定量评估
kNN纯净度 · silhouette得分 · LISI指标
批次效应定量评估kNN
07
Seurat整合方法（CCA+MNN）
原理与适用场景
SeuratCCA+MNN
08
Seurat整合实战
FindIntegrationAnc… · IntegrateData步骤详解
Seurat整合实战
09
Harmony方法
原理 · 参数设置与优缺点
Harmony原理
10
Harmony实战
RunHarmony · 降维 · 聚类效果评估
HarmonyRunHarmony
11
scTransform方法
模型原理 · 批次效应消除与差异表达分析
scTransform模型原理
12
scTransform与传统流程对比
速度 · 准确性与内存消耗
scTransform传统流程对比
13
MNN方法
mutual nearest nei…
MNNmutual
14
MNN实战
输入数据准备 · 运行fastMNN · 结果整合
MNN输入数据准备
15
ComBat方法
ComBat-seq原理与单细胞数据…
ComBatComBat-seq
16
ComBat实战
sva包调用 · 参数调优与效果评估
ComBatsva
17
fastMNN与scran整合
多组学数据联合校正
fastMNNscran
18
基于深度学习的整合
scVI模型原理与架构
基于深度学习的整…scVI
19
scVI实战
安装 · 数据构建 · 训练与潜在空间提取
scVI安装
20
CellChat简介
安装 · 数据格式（Seurat对象） · 基础参数
CellChat简介
21
CellChat数据准备
CreateCellChatObje… · 标准化与ID转换
CellChat数据准备
22
CellChat基础流程
computeCommunProb · computeCommunProbP…
CellChat基础流程
23
批次校正对细胞通讯分析的影响
偏差来源与校正必要性
批次校正对细胞通…偏差来源
24
校正后数据运行CellChat
输入校正后的表达矩阵与细胞标签
CellChat校正后数据运行
25
CellChat结果可视化
网络图 · 热图 · 气泡图绘制与解读
CellChat结果可视化
26
比较校正前后通讯差异
量化方法（边权重变化 · 通路活性变化）
比较校正前后通讯…量化方法
27
多批次数据整合后的通讯分析策略
分层分析 · 元分析思路
多批次数据整合后…分层分析
28
批次效应消除方法选择指南
不同数据规模 · 复杂度下的推荐方案
批次效应消除方法…不同数据规模
29
常见问题与调试技巧
CellChat报错 · 批次校正失败原因排查
常见问题调试技巧
30
课程总结与未来展望
最新方法综述（harmony · scVI · scAlign）及动手实践建议
课程总结未来展望