VIP20
本课程属于：039-单细胞空间整合批次质控 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

质控指标设计：基因数与UMI阈值设置实践指南

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
课程介绍与目标
为什么基因数与UMI阈值如此重要 · 学习路径概览
课程介绍目标
02
单细胞测序基本原理
10x Genomics · Drop-seq等主流平台的工作流程
单细胞测序基本原…Genomics
03
UMI技术原理
什么是Unique Molecula… · 如何纠正PCR扩增偏差
UMI技术原理
04
基因数与UMI的关系
解读Cell Ranger生成的矩阵…
UMI基因数
05
数据预处理总览
从FASTQ到表达矩阵的完整pipe…
数据预处理总览FASTQ
06
Cell Ranger基本流程
count · aggr · reanalyze常用命令及其输出文…
CellRanger
07
质量控制指标概述
基因数 · UMI数 · 线粒体比例
质量控制指标概述基因数
08
基因数阈值的作用
过滤空滴（empty droplet…
基因数阈值的作用empty
09
UMI阈值的作用
区分真实细胞与背景噪声 · 死细胞或碎片
UMI阈值的作用
10
阈值设置的常见策略
经验值 · 统计分布 · 多指标联合筛选
阈值设置的常见策…经验值
11
基于线粒体比例的过滤
高线粒体占比细胞的生物学含义与阈值选…
基于线粒体比例的…高线粒体占比细胞…
12
基于双细胞预测的过滤
使用DoubletFinder · Scrublet等工具
基于双细胞预测的…DoubletFinde…
13
阈值设置的统计方法
AUCell · miQC · Knee/Inflection po…
阈值设置的统计方…AUCell
14
可视化诊断（上）
Violin Plot展示基因数 · UMI数 · 线粒体比例的分布
可视化诊断Violin
15
可视化诊断（下）
Feature Scatter（如U… · 颜色标记线粒体占比）
可视化诊断Feature
16
阈值设置的自动化工具
umi_tools · Seurat的FilterCells · scanpy的filter_cell…
阈值设置的自动化…umi
17
不同组织类型的阈值差异
PBMC vs 组织样本 vs 肿瘤…
不同组织类型的阈…PBMC
18
不同测序平台的阈值差异
10x v2/v3 · Drop-seq · BD Rhapsody对比
不同测序平台的阈…v2/v3
19
阈值设置的验证方法
通过降维聚类前后变化 · marker基因表达验证
阈值设置的验证方…通过降维聚类前后…
20
错误阈值导致的后果
过度过滤丢失稀有细胞类型 vs 过滤…
错误阈值导致的后…vs
21
案例实战（一）
人类PBMC数据——从Barcode…
案例实战PBMC
22
案例实战（二）
小鼠脑组织数据——高异质性样本的阈值…
案例实战小鼠脑组织数据
23
案例实战（三）
肿瘤样本数据——低质量细胞与恶性细胞…
案例实战肿瘤样本数据
24
阈值设置的最佳实践
多数据合并时的统一阈值 vs 独立阈…
阈值设置的最佳实…vs
25
参数调优经验
如何通过迭代调整阈值使聚类稳定 · 差异基因富集
参数调优经验如何通过迭代调整…
26
常见问题与避坑指南
batch effect · UMI饱和度 · 细胞捕获效率波动
常见问题避坑指南
27
流程自动化脚本
使用Python/R一键生成QC报告…
流程自动化脚本Python/R
28
结果报告生成
用HTML/PDF输出过滤前后的统计…
结果报告生成HTML/PDF
29
后续分析影响讨论
阈值对降维 · 聚类 · 差异表达
后续分析影响讨论阈值对降维
30
课程总结与资源推荐
核心要点复盘 · 参考文献 · 工具链接
课程总结资源推荐