VIP20
本课程属于：039-单细胞空间整合批次质控 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

单细胞整合质控参数优化指南

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
单细胞测序技术概览
10x Genomics · Smart-seq2 · Drop-seq等主流平台对比
单细胞测序技术概…Genomics
02
原始数据处理基础
Cell Ranger · STARsolo · alevin等常用流程配置
原始数据处理基础Cell
03
细胞质量控制核心指标
UMI计数 · 基因检出数 · 线粒体比例
细胞质量控制核心…UMI
04
质控阈值选择策略
基于分布曲线 · 双峰建模 · 经验阈值等方法确定过滤边界
质控阈值选择策略基于分布曲线
05
doublets识别与过滤
使用DoubletFinder · Scrublet · AMULET等工具的原理与参数调优
doublets识别
06
细胞周期效应处理
利用CellCycleScoring · cyclone等方法识别并回归去除细… · 避免干扰整合
细胞周期效应处理CellCycleSco…
07
环境RNA与背景校正
SoupX · CellBender · DecontX等工具的模型原理与参数…
RNA环境
08
批次效应来源分析
实验批次 · 测序批次 · 建库批次
批次效应来源分析实验批次
09
标准化与归一化方法选择
SCTransform · LogNormalize · scran的size factor等…
标准化归一化方法选择
10
高变基因筛选
基于方差分析 · Fano因子 · seurat的FindVariabl…
高变基因筛选基于方差分析
11
降维与可视化
PCA · t-SNE · UMAP的参数调优（n_pcs
降维可视化
12
聚类分辨率调优
从粗略到精细的聚类参数（resolu… · 使用聚类树 · 稳定性分析选择合适分辨率
聚类分辨率调优resolu
13
细胞类型标注策略
基于标记基因 · 自动注释工具（SingleR · CellTypist
细胞类型标注策略基于标记基因
14
整合算法概览
Seurat CCA+RPCA · Harmony · fastMNN
整合算法概览Seurat
15
Seurat整合流程详解
按照FindIntegrationA… · 调整dims · k.anchor
Seurat整合流程详解
16
Harmony整合实践
RunHarmony的theta · lambda · sigma
Harmony整合实践
17
基于深度学习的整合（scVI/scANVI）
设置latent_dim · n_layers · dropout_rate
scVI/scANVI基于深度学习的整…
18
互作水平整合方法
使用CellAlign · Conos等方法处理跨平台或跨物种数… · 调整k参数保障细胞匹配质量
互作水平整合方法CellAlign
19
整合后评估指标
利用ARI · NMI · kBET
整合后评估指标ARI
20
常见整合伪影识别
出现“泡泡”结构 · 批次分离不彻底或过度融合 · 细胞类型混杂等问题的诊断与解决方法
常见整合伪影识别出现“泡泡”结构
21
整合参数网格搜索
设计针对不同整合方法的参数组合 · 构建并行测试流程 · 选择最优参数设置
整合参数网格搜索设计针对不同整合…
22
稀疏数据与低质量样本处理
针对UMI计数低 · 基因检出少的样本 · 调整质控阈值和整合权重参数
稀疏数据低质量样本处理
23
高细胞通量数据优化
千万级细胞数据的内存和时间管理 · 设置min_cells · max_cells_per_samp…
高细胞通量数据优…千万级细胞数据的…
24
多样本整合的标准化流程
制定从原始数据到整合后对象的标准操作… · 输出可重复的配置
多样本整合的标准…制定从原始数据到…
25
整合结果的生物学验证
差异表达分析 · 功能富集 · 空间坐标还原等检查整合后细胞群的生物…
整合结果的生物学…差异表达分析
26
跨平台跨批次数据整合
不同测序平台 · 不同实验批次拼接时的质控参数差异化设…
跨平台跨批次数据…不同测序平台
27
整合后数据导出与下游分析
将整合后的Seurat/AnnDat… · CellChat · scenic等工具
整合后数据导出下游分析
28
自动化质控管线构建
使用Snakemake · Nextflow或WDL搭建批量处理… · 集成QC
自动化质控管线构…Snakemake
29
质控参数优化最佳实践案例
基于真实数据集（PBMC · 脑组织 · 肿瘤样本）展示参数调优前后效果对比
质控参数优化最佳…PBMC
30
常见问题与避坑指南
整合失败 · 内存溢出 · 结果不可复现
常见问题避坑指南