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本课程属于：016-Cromwell WDL云端工作流 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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Cromwell RNA-seq自动化分析管线

共计 30 章节
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01
课程介绍
RNA-seq技术背景 · Cromwell优势 · 全流程概述
课程介绍RNA-seq
02
Cromwell环境搭建
Java与Docker安装 · Cromwell下载与启动
Cromwell环境搭建
03
WDL基础
工作流与任务定义 · 输入输出声明 · 运行时配置
WDL工作流
04
第一个WDL工作流
快速写一个“Hello RNA-se…
WDL第一个
05
输入数据管理
FASTQ文件组织 · 样本表与元数据设计
输入数据管理FASTQ
06
质量评估
FastQC任务编写与结果查看
质量评估FastQC
07
质量控制
Trimmomatic适配器切除与低…
质量控制Trimmomatic
08
比对工具
STAR索引下载与比对任务编写
比对工具STAR
09
比对后处理
SAMtools排序 · 索引与统计
比对后处理SAMtools
10
基因定量
featureCounts任务编写与…
基因定量featureCount…
11
定量替代方案
HTSeq-count的WDL实现
定量替代方案HTSeq-count
12
定量替代方案
RSEM的WDL实现
定量替代方案RSEM
13
表达矩阵整合
多样本结果汇总与格式统一
表达矩阵整合多样本结果汇总
14
差异表达分析
DESeq2的WDL封装
差异表达分析DESeq2
15
差异表达分析
edgeR的WDL封装
差异表达分析edgeR
16
功能富集分析
GO和KEGG富集的WDL任务
功能富集分析GO
17
可视化图表
火山图与表达热图的自动生成
可视化图表火山图
18
Cromwell高级特性
Scatter/Gather并行处理
Cromwell高级特性
19
条件分支
if-else实现不同分析策略
条件分支if-else
20
错误重试
任务失败自动重试与日志诊断
错误重试任务失败自动重试
21
Docker集成
编写自定义镜像与确保可复现
Docker集成
22
Conda环境
在Cromwell中管理工具版本
Conda环境
23
输入输出路径
本地 · HPC · 云存储配置
输入输出路径本地
24
元数据与缓存
Cromwell缓存机制与复用
元数据缓存
25
批量运行
从样本列表自动生成多任务
批量运行从样本列表自动生…
26
性能调优
内存 · CPU · 磁盘的资源分配策略
性能调优内存
27
实际案例一
人类RNA-seq完整流程
实际案例一RNA-seq
28
实际案例二
非模式物种的RNA-seq流程
实际案例二RNA-seq
29
结果报告
MultiQC集成与HTML报告生成
结果报告MultiQC
30
课程总结
最佳实践 · 常见问题与进阶方向
课程总结最佳实践