2. Cromwell环境搭建：Java与Docker安装、Cromwell下载与启动

搭建Cromwell环境，说白了就是把它的几个依赖先装好。我见过不少新手一上来就急着下载Cromwell的jar包，结果启动时报错，才发现Java版本不对或Docker没装。这课我们一步一步来，别急。

2.1 前置依赖一览

Cromwell本身是用Scala写的，跑在JVM上。它调度任务时默认会调用Docker容器来执行具体命令。所以核心依赖就两样：Java 8/11（推荐11）和Docker。下表是各组件的最低版本要求：

2.2 安装Java

先确认系统里有没有Java。打开终端敲：

java -version

如果输出类似 openjdk version "11.0.18" 那就省事了。如果没有，按下面步骤装。

Ubuntu/Debian：

sudo apt update
sudo apt install openjdk-11-jdk -y

CentOS/RHEL：

sudo yum install java-11-openjdk-devel -y

macOS（用Homebrew）：

brew install openjdk@11

装完之后再跑一次 java -version 确认。注意设置 JAVA_HOME 环境变量，很多工具会依赖它。我一般加在 ~/.bashrc 或 ~/.zshrc 里：

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64   # 路径依系统而定
export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH

然后执行 source ~/.bashrc 生效。

2.3 安装Docker

Docker负责拉取镜像、跑任务容器。没有它，Cromwell只能做本地后端模拟，没法真正调度WDL任务。

Ubuntu快速安装：

sudo apt update
sudo apt install docker.io -y
sudo systemctl start docker
sudo systemctl enable docker

macOS：直接从官网下载Docker Desktop安装就行。

装完验证：

sudo docker run hello-world

能看到Hello from Docker!就OK了。

注意权限：普通用户直接跑docker需要sudo。如果你不想每次加sudo，把用户加入docker组：

sudo usermod -aG docker $USER
# 然后退出终端再重新登录

2.4 下载Cromwell

Cromwell发布在GitHub的release页面。我个人习惯直接用wget下载最新jar包：

wget https://github.com/broadinstitute/cromwell/releases/download/85/cromwell-85.jar

如果觉得版本号不好记，也可以去 https://github.com/broadinstitute/cromwell/releases/latest 找最新的链接。

下载完成后，随便放在一个目录，比如 ~/tools/cromwell/。我习惯建一个软链：

ln -s ~/tools/cromwell/cromwell-85.jar ~/tools/cromwell/cromwell.jar

这样以后升级版本时，只改软链目标就行，不用改脚本里的路径。

2.5 启动Cromwell

Cromwell有两种运行模式：单机模式（Run）和服务器模式（Server）。我们先说单机模式，后面课程再讲Server。

单机模式：适合一次性提交一个WDL工作流，跑完就退出。

java -jar cromwell.jar run my_workflow.wdl --inputs inputs.json

服务器模式：以后台服务形式运行，接受REST API请求。

java -jar cromwell.jar server &

启动后默认监听 localhost:8000。你可以用浏览器访问 http://localhost:8000 看到Swagger UI。

java -Xmx4g -Xms4g -jar cromwell.jar server

2.6 验证安装

写一个最简单的WDL文件 hello.wdl：

task hello {
    command {
        echo "Hello Cromwell!"
    }
    output {
        String out = read_string(stdout())
    }
}
workflow my_workflow {
    call hello
}

提交运行：

java -jar cromwell.jar run hello.wdl

如果看到输出中包含 "Hello Cromwell!"，恭喜，环境跑通了！

2.7 环境搭建流程图

下面这张图把整个依赖关系串起来，方便你对照检查：

2.8 常见问题排查

搭建过程中如果遇到问题，可以参考下面的表格快速定位：