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本课程属于：009-Visium空间转录组聚类 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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Visium空间聚类算法选型与质量评估

共计 30 章节
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01
空间转录组技术Visium概述
空间转录组技术Visium概述 · 核心概念 · 实践要点
Visium空间转录组技术
02
空间聚类分析的意义与应用场景
空间聚类分析的意义与应用场景 · 核心概念 · 实践要点
空间聚类分析的意…应用场景
03
空间聚类问题定义
挑战与目标
空间聚类问题定义挑战
04
数据预处理
Seurat流程与质量控制
数据预处理Seurat
05
数据标准化与归一化方法选择
数据标准化与归一化方法选择 · 核心概念 · 实践要点
数据标准化归一化方法选择
06
空间位置信息的使用方式
空间位置信息的使用方式 · 核心概念 · 实践要点
空间位置信息的使…重点
07
BayesSpace算法原理与适用场景
BayesSpace算法原理与适用场景 · 核心概念 · 实践要点
BayesSpace算法原理
08
SpaGCN算法原理与适用场景
SpaGCN算法原理与适用场景 · 核心概念 · 实践要点
SpaGCN算法原理
09
STAGATE算法原理与适用场景
STAGATE算法原理与适用场景 · 核心概念 · 实践要点
STAGATE算法原理
10
GraphST算法原理与适用场景
GraphST算法原理与适用场景 · 核心概念 · 实践要点
GraphST算法原理
11
Seurat空间聚类方法（SpatialDimReduction + Clust
Seurat空间聚类方法（Spatial… · 核心概念 · 实践要点
SeuratSpatialDimRe…
12
其他空间聚类算法（如HMRF、Giotto、CellCharter）
其他空间聚类算法（如HMRF · 核心概念 · 实践要点
HMRFGiotto
13
算法对比
空间一致性 vs 表达相似性
算法对比vs
14
选择指南
根据数据特征选择算法
选择指南根据数据特征选择…
15
选择指南
根据计算资源与时间约束
选择指南根据计算资源
16
选择指南
根据预期分辨率与 domain 大小
选择指南domain
17
参数调优
BayesSpace中n_clust…
参数调优BayesSpace
18
参数调优
SpaGCN中beta参数
参数调优SpaGCN
19
参数调优
STAGATE中n_features…
参数调优STAGATE
20
参数调优
GraphST中knn参数
参数调优GraphST
21
评估指标
内部指标（Silhouette · ARI · NMI）
评估指标Silhouette
22
评估指标
空间自相关指标（Moran's I · Geary's C）
评估指标Moran
23
评估指标
生物学可解释性验证（差异表达分析）
评估指标生物学可解释性验…
24
可视化
聚类结果的空间分布图
可视化聚类结果的空间分…
25
可视化
聚类结果的umap图
可视化umap
26
综合案例
人类乳腺癌数据聚类分析
综合案例人类乳腺癌数据聚…
27
综合案例
小鼠脑切片数据聚类分析
综合案例小鼠脑切片数据聚…
28
常见问题与避坑指南
常见问题与避坑指南 · 核心概念 · 实践要点
常见问题避坑指南
29
未来趋势与新兴方法
未来趋势与新兴方法 · 核心概念 · 实践要点
未来趋势新兴方法
30
课程总结与资源推荐
课程总结与资源推荐 · 核心概念 · 实践要点
课程总结资源推荐