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本课程属于：009-Visium空间转录组聚类 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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Visium空间聚类参数优化与计算评估

共计 30 章节
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01
Visium技术背景与数据特点
Visium技术背景与数据特点 · 核心概念 · 实践要点
Visium技术背景
02
项目目标与聚类参数调优的意义
项目目标与聚类参数调优的意义 · 核心概念 · 实践要点
项目目标聚类参数调优的意…
03
数据准备
空间转录组数据的读取与预处理
数据准备空间转录组数据的…
04
数据质量控制（QC）与过滤
数据质量控制（QC）与过滤 · 核心概念 · 实践要点
QC数据质量控制
05
标准化与归一化方法选择
标准化与归一化方法选择 · 核心概念 · 实践要点
标准化归一化方法选择
06
高变基因筛选与降维（PCA）
高变基因筛选与降维（PCA） · 核心概念 · 实践要点
PCA高变基因筛选
07
聚类算法概述（Louvain、Leiden、K-means等）
聚类算法概述（Louvain · 核心概念 · 实践要点
LouvainLeiden
08
空间聚类与普通单细胞聚类的区别
空间聚类与普通单细胞聚类的区别 · 核心概念 · 实践要点
空间聚类普通单细胞聚类的…
09
分辨率参数（resolution）的调优
分辨率参数（resolution）的调优 · 核心概念 · 实践要点
resolution分辨率参数
10
邻居数（n_neighbors）对聚类的影响
邻居数（n_neighbors）对聚类的… · 核心概念 · 实践要点
neighbors邻居数
11
距离度量（Euclidean、Cosine等）的选择
距离度量（Euclidean · 核心概念 · 实践要点
EuclideanCosine
12
主成分数（n_comps）的调优
主成分数（n_comps）的调优 · 核心概念 · 实践要点
comps主成分数
13
图构建参数（kNN图、sNN图）的影响
图构建参数（kNN图、sNN图）的影响 · 核心概念 · 实践要点
kNNsNN
14
聚类稳定性评估（Jaccard相似度、ARI等）
聚类稳定性评估（Jaccard相似度 · 核心概念 · 实践要点
JaccardARI
15
轮廓系数（Silhouette Score）的应用
轮廓系数（Silhouette Scor… · 核心概念 · 实践要点
SilhouetteScore
16
空间一致性指标（如Moran's I）的引入
空间一致性指标（如Moran's I）的… · 核心概念 · 实践要点
Moran空间一致性指标
17
可视化调参
UMAP参数（min_dist · n_neighbors）
可视化调参UMAP
18
基于已知标记基因的聚类验证
基于已知标记基因的聚类验证 · 核心概念 · 实践要点
基于已知标记基因…重点
19
批次效应检测与校正
批次效应检测与校正 · 核心概念 · 实践要点
批次效应检测校正
20
重复性实验与参数鲁棒性分析
重复性实验与参数鲁棒性分析 · 核心概念 · 实践要点
重复性实验参数鲁棒性分析
21
参数调优流程标准化（Pipeline构建）
参数调优流程标准化（Pipeline构建… · 核心概念 · 实践要点
Pipeline参数调优流程标准…
22
自动化调参策略（Grid Search、Bayesian Optimizatio
自动化调参策略（Grid Search · 核心概念 · 实践要点
GridSearch
23
结果解读
聚类与空间域的对应关系
结果解读聚类
24
特殊样本的处理（低质量区域、边缘效应）
特殊样本的处理（低质量区域、边缘效应） · 核心概念 · 实践要点
特殊样本的处理低质量区域
25
多切片联合分析的参数调优
多切片联合分析的参数调优 · 核心概念 · 实践要点
多切片联合分析的…重点
26
差异表达分析对聚类参数的反馈
差异表达分析对聚类参数的反馈 · 核心概念 · 实践要点
差异表达分析对聚…重点
27
参数调优的计算资源优化（内存、时间）
参数调优的计算资源优化（内存、时间） · 核心概念 · 实践要点
参数调优的计算资…内存
28
常见错误与避坑指南
常见错误与避坑指南 · 核心概念 · 实践要点
常见错误避坑指南
29
项目复盘总结与最佳实践
项目复盘总结与最佳实践 · 核心概念 · 实践要点
项目复盘总结最佳实践
30
未来展望
空间组学聚类新方法
未来展望空间组学聚类新方…