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Visium低质量Spot识别与质控报告

共计 30 章节
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01
空间转录组学概览
介绍空间转录组技术原理 · Spot概念 · 常见平台（10x Visium
空间转录组学概览介绍空间转录组技…
02
低质量Spot的影响
分析低质量Spot对下游分析（聚类 · 差异表达 · 空间模式）的影响
Spot低质量
03
质量控制总览
从原始数据到过滤后数据的完整QC流程…
质量控制总览QC
04
数据格式与读取
掌握h5 · spaceranger输出格式 · 使用Scanpy/Seurat读取数…
数据格式读取
05
UMI计数分布
理解UMI计数的分布特征 · 识别异常值
UMI计数分布
06
基因检测数分布
分析每个Spot检测到的基因数量 · 设置合理阈值
基因检测数分布Spot
07
线粒体基因比例
计算线粒体基因比例 · 识别低质量或死亡细胞
线粒体基因比例计算线粒体基因比…
08
核糖体基因比例
核糖体基因比例过高或过低的生物学意义
核糖体基因比例核糖体基因比例过…
09
血红蛋白基因比例
在组织样本中血红蛋白基因污染问题的处…
血红蛋白基因比例组织样本
10
双细胞识别
采用DoubletFinder · Scrublet等方法检测双细胞
双细胞识别DoubletFinde…
11
空液滴过滤
基于总计数和基因数的空液滴去除（如E…
空液滴过滤基于总计数
12
基于细胞复杂度的过滤
使用log10(genes)/log…
基于细胞复杂度的…log10
13
基于细胞周期分数的过滤
去除细胞周期相关的波动
基于细胞周期分数…去除细胞周期相关…
14
基于背景信号的过滤
识别组织边缘或背景区域的Spot
基于背景信号的过…Spot
15
质量控制可视化
绘制QC指标的小提琴图 · 散点图 · 阈值图
质量控制可视化QC
16
自动阈值选择
基于分位数 · MAD · GMM等方法自动确定阈值
自动阈值选择基于分位数
17
手动阈值调整
结合生物学知识手动优化过滤参数
手动阈值调整结合生物学知识手…
18
多批次质量控制
整合多个样本时的QC一致性处理
多批次质量控制QC
19
基于参考基因组的过滤
去除假基因或污染来源
基于参考基因组的…去除假基因或污染…
20
基于空间位置的质量控制
利用组织形态学信息（如HE染色）辅助…
基于空间位置的质…HE
21
过滤后数据归一化
SCTransform · LogNormalize等方法
过滤后数据归一化SCTransform
22
质量控制报告生成
使用R Markdown或Jupyt…
质量控制报告生成Markdown
23
交互式质量控制工具
使用Shiny · Plotly构建交互式QC界面
交互式质量控制工…Shiny
24
质量控制标准流程脚本
编写可复用的QC pipeline脚…
质量控制标准流程…QC
25
常见问题与踩坑
过滤过严或过松导致的典型错误
常见问题踩坑
26
案例研究1
小鼠脑组织空间转录组数据QC实战
案例研究1QC
27
案例研究2
肿瘤组织样本QC与异质性分析
案例研究2QC
28
案例研究3
FFPE样本质量较低时的处理策略
案例研究3FFPE
29
质量控制结果评估
通过下游聚类稳定性 · 基因表达分布评估QC效果
质量控制结果评估通过下游聚类稳定…
30
总结与展望
低质量Spot剔除技术的未来发展 · 结合深度学习方法
Spot低质量