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Giotto工具包空间转录组分析实操指南

共计 30 章节
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01
Giotto简介与安装
Giotto包概述 · 安装方法 · 依赖包配置
Giotto简介
02
空间转录组数据类型
10X Visium · Slide-seq · MERFISH等数据格式
空间转录组数据类…Visium
03
创建Giotto对象
数据导入与对象构建
Giotto创建
04
数据预处理
过滤 · 标准化 · 归一化
数据预处理过滤
05
降维方法
PCA · UMAP · t-SNE在Giotto中的应用
降维方法PCA
06
聚类分析
基于空间或表达谱的聚类
聚类分析基于空间或表达谱…
07
空间特征识别
差异表达基因分析
空间特征识别差异表达基因分析
08
空间可变基因（SVG）检测
方法如Moran's I · SpatialDE
SVG空间可变基因
09
空间共表达网络
构建基因共表达模块
空间共表达网络构建基因共表达模…
10
细胞类型注释
基于标记基因或参考数据库
细胞类型注释基于标记基因或参…
11
空间细胞邻域分析
细胞邻近度 · 邻居检测
空间细胞邻域分析细胞邻近度
12
空间交互网络
配体-受体分析
空间交互网络配体
13
空间社区检测
Louvain/Leiden社区检测
空间社区检测Louvain/Leid…
14
时空分析
发育或疾病进程中的空间动态
时空分析发育或疾病进程
15
多切片对齐与整合
多个样本联合分析
多切片对齐整合
16
空间轨迹推断
沿着空间轴的伪时间分析
空间轨迹推断沿着空间轴的伪时…
17
空间细胞状态转换
RNA velocity在空间上的映…
空间细胞状态转换RNA
18
空间代谢组与蛋白质组整合
多模态数据
空间代谢组蛋白质组整合
19
空间转录组与组织学图像结合
H&E染色关联
空间转录组组织学图像结合
20
空间细胞生态位分析
微环境构建
空间细胞生态位分…微环境构建
21
空间基因表达的区域性分析
划分组织域
空间基因表达的区…划分组织域
22
空间基因表达的统计检验
置换检验 · 空间自相关
空间基因表达的统…置换检验
23
可视化基础
Giotto内置绘图功能
可视化基础Giotto
24
高级可视化
ggplot2集成 · 空间热图
高级可视化ggplot2
25
与Seurat/Scanpy等工具交互
数据格式转换
Seurat/Scanp…等工具交互
26
批量处理与流程自动化
构建分析流水线
批量处理流程自动化
27
性能优化与内存管理
大数据集处理
性能优化内存管理
28
常见问题与调试
错误排查建议
常见问题调试
29
案例实战
分析一个10X Visium数据集
案例实战Visium
30
课程总结与进阶资源。
课程总结与进阶资源 · 核心概念 · 实践要点
课程总结进阶资源