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RNA-seq差异表达与功能富集解读

共计 30 章节
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01
RNA-seq概述
技术原理 · 应用场景与实验设计
RNA-seq技术原理
02
数据获取与格式
FASTQ格式 · 公共数据库（SRA/GEO）使用
数据获取格式
03
质量控制（QC）
FastQC软件安装与质量评估指标解…
QC质量控制
04
数据预处理
Trimmomatic/Cutada… · 过滤低质量序列
数据预处理Trimmomatic/…
05
比对工具（一）
STAR比对器原理 · 索引构建与参数设置
比对工具STAR
06
比对工具（二）
HISAT2 · Salmon等比对/定量方法的比较与…
比对工具HISAT2
07
基因表达定量
featureCounts · HTSeq-count · Salmon计数原理与操作
基因表达定量featureCount…
08
表达矩阵构建与标准化
TPM · FPKM · RPKM的数学意义与适用场景
表达矩阵构建标准化
09
探索性数据分析
PCA · 层次聚类 · 样本相关性热图绘制
探索性数据分析PCA
10
差异表达分析（一）
DESeq2基本原理 · 数据输入与模型假设
差异表达分析DESeq2
11
差异表达分析（二）
DESeq2实战——运行流程与结果对…
差异表达分析DESeq2
12
差异表达分析（三）
edgeR · limma等其他常用方法对比
差异表达分析edgeR
13
多重假设检验校正
p值 · FDR（BH） · q值概念与选择
多重假设检验校正p值
14
结果可视化
火山图 · MA图 · 差异表达基因热图（pheatmap）
结果可视化火山图
15
功能富集分析（一）
GO富集分析原理与clusterPr…
功能富集分析GO
16
功能富集分析（二）
KEGG通路富集分析及气泡图绘制
功能富集分析KEGG
17
功能富集分析（三）
GSEA（基因集富集分析）原理与结果…
功能富集分析GSEA
18
基因集资源
MSigDB · Reactome · WikiPathways获取与使用
基因集资源MSigDB
19
网络分析与蛋白质互作
STRING数据库查询与Cytosc…
网络分析蛋白质互作
20
转录组功能解读
从差异基因列表到生物学故事构建
转录组功能解读从差异基因列表到…
21
可变剪接分析
rMATS检测外显子跳跃 · 内含子保留等事件
可变剪接分析rMATS
22
融合基因检测
FusionCatcher/STAR…
融合基因检测FusionCatche…
23
非编码RNA分析
lncRNA · miRNA鉴定与功能预测概览
RNA非编码
24
单细胞RNA-seq初探
10X Genomics数据简要分析…
RNA-seq单细胞
25
多组学整合
RNA-seq与ChIP-seq · ATAC-seq关联分析思路
多组学整合RNA-seq
26
结果报告撰写
图 · 表 · 统计方法的规范描述与存档
结果报告撰写统计方法的规范描…
27
案例分析（一）
肿瘤组织 vs 正常组织的差异分析与…
案例分析vs
28
案例分析（二）
时间序列RNA-seq的聚类与趋势分…
案例分析RNA-seq
29
案例分析（三）
多处理组/重复设计时的批次效应处理
案例分析多处理组
30
常见陷阱与误区
离群样本 · 低丰度基因 · 重复数不足的补救策略
常见陷阱误区