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Conda复现RNA-seq差异分析流程

共计 30 章节
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01
课程概览与Conda基础
Conda是什么 · 为什么用于RNA-seq流程复现 · Miniconda安装与环境配置
Conda课程概览
02
Conda基础命令
环境创建 · 激活 · 删除
Conda基础命令
03
环境导出与复现
export · yml文件 · create from yml
环境导出复现
04
RNA-seq分析流程概述
从原始测序数据到差异表达基因的典型步…
RNA-seq分析流程概述
05
参考基因组与注释文件获取
Ensembl/UCSC下载 · GTF/GFF格式 · 基因组索引准备
参考基因组注释文件获取
06
质量评估（FastQC）
Conda安装FastQC · 批量运行 · MultiQC整合报告
FastQC质量评估
07
数据预处理（Trimmomatic/fastp）
去除接头 · 质量修剪 · Conda环境配置与参数详解
Trimmomatic/…数据预处理
08
比对工具选择与安装
STAR · HISAT2 · Salmon等
比对工具选择安装
09
STAR比对实战
构建索引 · 双端比对 · 输出BAM文件
STAR比对实战
10
比对后处理
samtools排序 · 索引 · flagstat统计
比对后处理samtools
11
基因表达定量（featureCounts）
Conda安装subread包 · 从BAM到计数矩阵
featureCount…基因表达定量
12
转录本定量（Salmon）
伪比对原理 · 索引构建 · 定量运行
Salmon转录本定量
13
表达矩阵整合与格式化
合并样本计数 · 整理为DESeq2/edgeR输入格…
表达矩阵整合格式化
14
R环境搭建与BiocManager
Conda安装R · R包管理 · BiocManager安装差异分析包
BiocManagerR环境搭建
15
DESeq2差异分析入门
数据导入 · dds构建 · DESeq函数
DESeq2差异分析入门
16
DESeq2结果解读
log2FoldChange · p值校正 · MA图
DESeq2结果解读
17
edgeR差异分析
DGEList构建 · calcNormFactors · estimateDisp
edgeR差异分析
18
limma-voom方差分析
voom转换 · 线性模型 · eBayes
limma-voom方差分析
19
差异基因筛选与注释
设定阈值 · 提取显著基因 · 基因ID转换（biomaRt）
差异基因筛选注释
20
热图与聚类
pheatmap绘制表达热图 · 样本聚类 · 基因聚类（Z-score标准化）
热图聚类
21
富集分析（clusterProfiler）
GO富集 · KEGG通路富集 · GSEA分析
clusterProfi…富集分析
22
富集结果可视化
气泡图 · 网络图 · cnetplot
富集结果可视化气泡图
23
重复性与批次效应评估
主成分分析（PCA） · 样本相关性热图 · RUVseq批次校正
重复性批次效应评估
24
完整流程整合与Snakemake
Conda与Snakemake结合 · 编写Snakefile · 自动运行
Snakemake完整流程整合
25
流程复现实战
从公共数据库（SRA）下载数据 · 完整跑一遍差异分析
流程复现实战SRA
26
常见错误与调试
Conda冲突 · 内存不足 · 版本不兼容
常见错误调试
27
环境打包与分享
Conda pack打包 · Docker基础 · 转换Conda环境为Docker镜像
环境打包分享
28
结果报告自动化
R Markdown/Quarto生… · 嵌入图表
结果报告自动化Markdown/Qua…
29
项目文件夹组织规范
最佳实践 · 目录结构 · README
项目文件夹组织规…最佳实践
30
课程总结与进阶方向
单细胞RNA-seq · Conda环境管理高级技巧 · 云计算部署
课程总结进阶方向