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DESeq2与edgeR差异表达建模对比

共计 30 章节
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01
DESeq2与edgeR简介
两种差异表达分析工具概述
DESeq2edgeR
02
差异表达分析的基本原理
差异表达分析的基本原理 · 核心概念 · 实践要点
差异表达分析的基…重点
03
RNA-seq数据预处理
从fastq到count矩阵
RNA-seq数据预处理
04
DESeq2的安装与依赖环境配置
DESeq2的安装与依赖环境配置 · 核心概念 · 实践要点
DESeq2的安装
05
edgeR的安装与依赖环境配置
edgeR的安装与依赖环境配置 · 核心概念 · 实践要点
edgeR的安装
06
DESeq2的数据输入格式要求（DESeqDataSet）
DESeq2的数据输入格式要求（DESe… · 核心概念 · 实践要点
DESeq2DESeqDataSet
07
edgeR的数据输入格式要求（DGEList）
edgeR的数据输入格式要求（DGELi… · 核心概念 · 实践要点
edgeRDGEList
08
DESeq2的标准化方法（median of ratios）
DESeq2的标准化方法（median… · 核心概念 · 实践要点
DESeq2median
09
edgeR的标准化方法（TMM）
edgeR的标准化方法（TMM） · 核心概念 · 实践要点
edgeRTMM
10
DESeq2的离散度估计（DESeq function）
DESeq2的离散度估计（DESeq f… · 核心概念 · 实践要点
DESeq2DESeq
11
edgeR的离散度估计（estimateDisp）
edgeR的离散度估计（estimate… · 核心概念 · 实践要点
edgeRestimateDisp
12
DESeq2的统计检验模型（负二项分布）
DESeq2的统计检验模型（负二项分布） · 核心概念 · 实践要点
DESeq2的统计检验模型
13
edgeR的统计检验模型（精确检验或QL F-test）
edgeR的统计检验模型（精确检验或QL… · 核心概念 · 实践要点
edgeRQL
14
DESeq2的差异表达分析流程（三步法）
DESeq2的差异表达分析流程（三步法） · 核心概念 · 实践要点
DESeq2的差异表达分析流…
15
edgeR的差异表达分析流程（经典edgeR或准似然法）
edgeR的差异表达分析流程（经典edg… · 核心概念 · 实践要点
edgeR的差异表达分析流…
16
结果提取与排序
DESeq2的results函数
结果提取排序
17
结果提取与排序
edgeR的topTags函数
结果提取排序
18
多重假设检验校正（BH vs BY vs 其他）
多重假设检验校正（BH vs BY vs… · 核心概念 · 实践要点
BHvs
19
可视化结果
MA图（DESeq2 vs edge…
可视化结果MA
20
可视化结果
火山图（Volcano plot）
可视化结果Volcano
21
可视化结果
热图与聚类
可视化结果热图
22
输出差异基因列表的格式对比
输出差异基因列表的格式对比 · 核心概念 · 实践要点
输出差异基因列表…重点
23
处理批次效应的策略（DESeq2 vs edgeR）
处理批次效应的策略（DESeq2 vs… · 核心概念 · 实践要点
DESeq2vs
24
处理多因子设计的差异（DESeq2 vs edgeR）
处理多因子设计的差异（DESeq2 vs… · 核心概念 · 实践要点
DESeq2vs
25
处理零表达基因的差异（DESeq2 vs edgeR）
处理零表达基因的差异（DESeq2 vs… · 核心概念 · 实践要点
DESeq2vs
26
运行时间与内存消耗对比（实战基准测试）
运行时间与内存消耗对比（实战基准测试） · 核心概念 · 实践要点
运行时间内存消耗对比
27
小样本量下的表现对比
小样本量下的表现对比 · 核心概念 · 实践要点
小样本量下的表现…重点
28
不同数据分布假设的适用场景
不同数据分布假设的适用场景 · 核心概念 · 实践要点
不同数据分布假设…重点
29
实战案例
使用DESeq2与edgeR分析同一…
实战案例DESeq2
30
如何选择DESeq2还是edgeR
决策指南
DESeq2edgeR