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多组学数据整合分析工程

共计 30 章节
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01
多组学整合工程导论
目标=多组学数据类型 · 整合分析的目标与挑战 · 工程化视角下的技术栈与项目生命周期
多组学整合工程导…目标=多组学数据…
02
多组学数据获取与实验设计
目标=基因组 · 转录组 · 蛋白质组
多组学数据获取实验设计
03
多组学数据预处理与质量控制
目标=原始数据格式解析 · 质控指标 · 过滤与归一化方法
多组学数据预处理质量控制
04
多组学数据标准化与批次校正
目标=ComBat · limma · RUV等批次校正方法
多组学数据标准化批次校正
05
多组学数据存储与工程化架构
目标=关系型与NoSQL数据库 · 数据湖 · 云存储
多组学数据存储工程化架构
06
多组学数据特征工程
目标=特征选择 · 降维（PCA · t-SNE
多组学数据特征工…目标=特征选择
07
多组学整合策略总览
目标=早期 · 中期 · 晚期整合的概念
多组学整合策略总…目标=早期
08
基于矩阵分解的整合方法
目标=PCA · PLS · CCA
基于矩阵分解的整…PCA
09
基于网络的整合方法
目标=相似性网络融合（SNF） · 网络传播 · 图嵌入在多组学数据中的应用与案例
基于网络的整合方…SNF
10
基于贝叶斯与概率图模型的整合
目标=iCluster · BayesCC · HMM等模型
基于贝叶斯概率图模型的整合
11
基于深度学习的多组学整合
目标=自编码器 · 变分自编码器 · 图神经网络
基于深度学习的多…目标=自编码器
12
多组学整合中的聚类与分型
目标=多视图聚类 · 共识聚类 · 亚型发现与稳定性评估
多组学整合聚类
13
多组学整合中的分类与预测建模
目标=特征融合 · 模型堆叠 · 交叉验证
多组学整合分类
14
多组学关联分析与因果推断
目标=跨组学关联分析 · 孟德尔随机化 · 中介分析
多组学关联分析因果推断
15
多组学差异分析与生物标志物发现
目标=多组学差异表达/丰度分析 · meta分析 · 生物标志物筛选与验证流程
多组学差异分析生物标志物发现
16
多组学通路与功能富集整合
目标=通路数据库 · 富集分析 · 拓扑分析
多组学通路功能富集整合
17
单细胞多组学整合分析
目标=单细胞多组学技术 · 数据整合方法（Seurat · LIGER
单细胞多组学整合…目标=单细胞多组…
18
空间多组学整合分析
目标=空间转录组 · 空间蛋白组 · 图像与组学数据配准
空间多组学整合分…目标=空间转录组
19
多组学时间序列与动态建模
目标=时间序列对齐 · 动态时间规整 · ODE模型
多组学时间序列动态建模
20
多组学整合中的网络与通路可视化
目标=Cytoscape · Gephi · ggplot2
多组学整合网络
21
多组学整合分析的可重复性与工作流管理
目标=Nextflow · Snakemake · CWL
多组学整合分析的…工作流管理
22
多组学整合云平台与高性能计算
目标=AWS · GCP · 阿里云等云服务
多组学整合云平台高性能计算
23
多组学整合中的机器学习可解释性
目标=SHAP · LIME · 特征重要性
多组学整合机器学习可解释性
24
多组学整合在癌症研究中的应用
目标=TCGA · ICGC等数据库 · 肿瘤亚型
多组学整合癌症研究
25
多组学整合在微生物组研究中的应用
目标=宏基因组 · 宏转录组 · 代谢组整合
多组学整合微生物组研究
26
多组学整合在植物与农业研究中的应用
目标=作物多组学 · 表型组整合 · GWAS与多组学关联分析
多组学整合植物
27
多组学整合在药物发现与精准医学中的应用
目标=药物靶点发现 · 药物重定位 · 患者分层与个性化治疗
多组学整合药物发现
28
多组学整合项目的实战
目标=从原始数据到生物学结论的完整项… · 包括数据清洗 · 整合建模
多组学整合项目的…目标=从原始数据…
29
多组学整合分析的常见陷阱与解决方案
目标=过拟合 · 数据泄漏 · 批次混淆
多组学整合分析的…解决方案
30
多组学整合前沿与未来方向
目标=多模态大模型 · 联邦学习 · 隐私保护计算
多组学整合前沿未来方向