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Nextflow生物信息流程工程

共计 30 章节
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01
课程导入与Nextflow定位
目标=生物信息流程工程的挑战 · Nextflow的设计哲学 · 核心优势与典型应用场景
Nextflow课程导入
02
Nextflow运行环境搭建
目标=Java环境 · Nextflow安装 · 版本管理
Nextflow运行环境搭建
03
流程脚本基础结构
目标=process · workflow · channel三大组件
流程脚本基础结构process
04
Process定义与执行
目标=输入输出声明 · 脚本块 · shell与exec
Process定义
05
Channel类型与操作符
目标=queue · value · file
Channel类型
06
数据流编程模型
目标=异步执行 · 数据依赖 · 并行调度
数据流编程模型目标=异步执行
07
参数与配置管理
目标=params · nextflow.config · profile
参数配置管理
08
模块化与子工作流
目标=include · module · workflow复用
模块化子工作流
09
容器化流程
目标=Docker · Singularity · Podman集成
容器化流程Docker
10
依赖管理与软件环境
目标=Conda · Spack · Wave容器构建
依赖管理软件环境
11
执行器与计算平台
目标=local · SLURM · PBS
执行器计算平台
12
资源管理与优化
目标=CPU · 内存 · 时间标签
资源管理优化
13
错误处理与调试
目标=errorStrategy · retry · ignore
错误处理调试
14
缓存与断点续跑
目标=-resume机制 · cache目录 · 哈希计算与缓存失效场景
缓存断点续跑
15
报告与可视化
目标=report · timeline · dag
报告可视化
16
测试与质量保障
目标=nf-test框架 · 单元测试 · 集成测试
测试质量保障
17
版本控制与协作
目标=Git仓库管理 · 分支策略 · 代码审查与流程发布
版本控制协作
18
实战
目标=RNA-seq定量流程 · 整合fastp · STAR
RNA-seq目标=
19
实战
目标=变异检测流程 · 整合BWA · GATK
目标=变异检测流…BWA
20
实战
目标=宏基因组分析流程 · 整合fastp · Kraken2
目标=宏基因组分…fastp
21
实战
目标=单细胞RNA-seq流程 · 整合Cell Ranger或STAR… · Seurat
RNA-seq目标=单细胞
22
实战
目标=ChIP-seq流程 · 整合Bowtie2 · MACS2
ChIP-seq目标=
23
实战
目标=多组学整合流程：整合转录组 · 蛋白组与代谢组数据 · 使用Nextflow编排多分支分析
目标=多组学整合…整合转录组
24
流程性能调优
目标=并行度控制 · 数据本地化 · I/O优化
流程性能调优目标=并行度控制
25
云原生与混合云部署
目标=AWS · GCP · Azure Batch配置
云原生混合云部署
26
工作流编排与调度集成
目标=与Airflow · Prefect · Nextflow Tower集成
工作流编排调度集成
27
可复现性与合规
目标=版本锁定 · 容器摘要 · 参数快照
可复现性合规
28
插件与扩展开发
目标=Nextflow插件机制 · 自定义函数 · Groovy扩展与DSL2高级特性
插件扩展开发
29
大规模队列管理
目标=数千样本并行 · 分批次策略 · 失败恢复与监控告警
大规模队列管理目标=数千样本并…
30
综合项目
目标=从需求到交付 · 包含模块化 · 容器化
综合项目目标=从需求到交…