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Snakemake组学流程工程

共计 30 章节
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01
组学流程工程与Snakemake定位
目标=从脚本到可复现工作流的痛点 · Snakemake核心优势 · 组学场景中的典型需求与课程项目总览
Snakemake组学流程工程
02
Snakemake最小可运行流程
目标=规则 · 输入输出 · 通配符
Snakemake最小可运行流程
03
基于真实FASTQ的质控流程
目标=FastQC与MultiQC规… · 样本列表驱动 · 输出目录组织与日志记录
FASTQ基于真实
04
通配符与模式匹配深入
目标=wildcards约束 · 正则匹配 · 动态通配符
通配符模式匹配深入
05
输入函数与动态依赖
目标=lambda输入 · 检查点前动态文件 · 基于样本元数据生成输入路径
输入函数动态依赖
06
规则参数与资源声明
目标=params · threads · resources
规则参数资源声明
07
配置文件与样本表驱动
目标=config.yaml · samples.tsv · pandas读取元数据
配置文件样本表驱动
08
模块化与include
目标=将质控 · 比对 · 定量拆分为.smk模块
include模块化
09
比对流程工程
目标=从FASTQ到BAM的bwa/… · 参考基因组索引 · 排序
比对流程工程FASTQ
10
RNA-seq定量流程
目标=STAR/HISAT2比对 · featureCounts或Salm… · 链特异性参数与多样本聚合
RNA-seq定量流程
11
变异检测流程
目标=GATK/Bcftools规则… · 参考字典 · BQSR
变异检测流程GATK/Bcftool…
12
流程输出聚合与报告
目标=MultiQC · 自定义汇总表 · Snakemake report与H…
流程输出聚合报告
13
容器化与可复现性
目标=Conda环境 · 容器镜像 · --use-conda
容器化可复现性
14
工作流缓存与增量计算
目标=时间戳 · --rerun-incomplete · --keep-going
工作流缓存增量计算
15
集群与云执行
目标=SLURM/PBS提交 · profile配置 · Kubernetes与云批量执行策略
集群云执行
16
并行化与DAG优化
目标=DAG可视化 · 瓶颈规则识别 · 分片并行
DAG并行化
17
错误处理与调试
目标=日志捕获 · --debug-dag · 失败重试
错误处理调试
18
测试与CI
目标=小型测试数据 · snakemake --lint · 单元测试规则
CI测试
19
版本控制与协作
目标=Git管理Snakemake工… · 分支策略 · 代码审查
版本控制协作
20
流程配置与多环境适配
目标=开发/生产配置分离 · 路径抽象 · 环境变量与跨平台兼容
流程配置多环境适配
21
大规模组学数据工程
目标=分块处理 · 流式输入 · 内存控制
大规模组学数据工…目标=分块处理
22
元工作流与嵌套流程
目标=子工作流调用 · 模块化复用 · 跨项目共享规则库
元工作流嵌套流程
23
Snakemake与工作流引擎对比
目标=Nextflow · WDL · CWL的适用场景与迁移考量
Snakemake工作流引擎对比
24
实战
目标=从零构建ATAC-seq流程 · 比对 · 峰 calling
ATAC-seq目标=从零构建
25
实战
目标=宏基因组分类与丰度流程
目标=宏基因组分…丰度流程
26
实战
目标=单细胞RNA-seq上游流程 · 样本合并与矩阵输出
RNA-seq目标=单细胞
27
流程性能剖析与优化
目标=时间/内存 profiling · 规则级基准 · I/O优化与并行度调参
流程性能剖析优化
28
可扩展性与插件生态
目标=Snakemake execu… · wrapper使用 · 自定义wrapper开发
可扩展性插件生态
29
生产部署与监控
目标=工作流打包 · 版本发布 · 运行监控
生产部署监控
30
课程综合项目
目标=给定多组学数据与需求 · 设计 · 实现
课程综合项目目标=给定多组学…