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本课程属于：058-宏基因组物种丰度可视化 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。

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Pavian结果导出为表格教程

共计 30 章节

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Pavian简介 · 应用场景与优势

系统要求与R包安装

Pavian依赖环境配置

准备输入文件

Kraken报告格式详解

准备输入文件Kraken

将Kraken结果导入Pavian

导入数据Kraken

Pavian主面板功能介绍

界面概览Pavian

元数据与分组设置

样本分组元数据

生成物种丰度热图

丰度热图生成物种丰度热图

堆叠条形图

可视化相对丰度

堆叠条形图可视化相对丰度

交互式分层展示

Krona交互式分层展示

比较组间丰度差异

差异分析比较组间丰度差异

过滤低丰度或稀有物种

结果筛选过滤低丰度或稀有…

导出丰度表格为CSV

导出表格CSV

导出统计结果表格为Excel

导出表格Excel

自定义导出

选择特定分类等级（界门纲目科属种）

自定义导出选择特定分类等级

多文件批量处理

批量导出多文件批量处理

表格格式化

调整列名 · 行名与排序

表格格式化调整列名

将多个样本结果合并为一个表格

合并表格将多个样本结果合…

与Kraken2配合

优化报告生成

与KrakenUniq配合

处理唯一标记

KrakenUniq配合

与Bracken配合

利用Bracken校正丰度

与Phyloseq整合

将Pavian结果导入Phylose…

与ggplot2可视化

用R基础作图

ggplot2可视化

常见错误及解决

数据格式错误

常见错误解决

常见错误及解决

常见错误解决

常见错误及解决

中文乱码问题

常见错误解决

大数据集处理建议

性能优化大数据集处理建议

命令行模式

使用R脚本自动化导出

命令行模式使用R脚本自动化…

Shiny Server部署

搭建在线分析平台

从原始数据到表格报告完整流程

实战案例从原始数据到表格…