安装Pavian：系统要求与R包安装

Pavian 是个好东西，能把 Kraken/Bracken 的那堆分类结果整理成能看的表格。但装它的时候，我踩过不少坑，所以这一章咱们就扎实地走一遍安装流程。先看系统要求，再装 R 包，最后用两行代码验证。

系统环境准备

说白了，Pavian 就是个 R 包。它依赖 Shiny 和一些可视化库，所以对硬件和系统其实挺友好。

安装 R 与 RStudio（可选）

如果你还没装 R，先去 CRAN 下载对应系统的 R 4.2+ 版本。我个人习惯用 RStudio，界面友好，能看到包安装的日志，出问题也好排查。装完 R 后，打开 R 控制台或者 RStudio 的 Console，就可以开始装包了。

安装 Pavian 核心依赖

Pavian 依赖 Bioconductor 生态，所以咱们得先把 BiocManager 装好。直接运行：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.17")

BiocManager 版本要和你的 R 版本匹配。建议执行 BiocManager::valid() 检查一下。

然后安装 Pavian 本身。有两种方式：

1. 从 Bioconductor 安装（稳定版）：

BiocManager::install("pavian")

2. 从 GitHub 安装（开发版，可能包含新特性）：

if (!requireNamespace("devtools", quietly = TRUE))
    install.packages("devtools")
devtools::install_github("fbreitwieser/pavian")

开发版更活跃，但有时会有没修完的 bug。我个人建议生产环境用 Bioconductor 版本，我做教程示范时，遇到过一次 GitHub 版和本地 Shiny 版本冲突，折腾了大半天。

install.packages(c("ggplot2", "DT", "shiny", "shinythemes", "dplyr", "tidyr"))
BiocManager::install(c("BiocStyle", "BiocGenerics", "S4Vectors"))

验证安装是否成功

装完之后，最好立即验证一下。在 R 控制台里输入：

library(pavian)
?pavian

如果没有报错，且弹出帮助文档，说明装好了。接着试试启动 Shiny 界面：

pavian::runPavian()

浏览器里会打开一个本地页面（通常是 http://127.0.0.1:5275）。看到 Pavian 的欢迎界面，就算搞定。

嗯，这里要注意：如果端口被占用，函数会自动换一个。有一次我同时开两个 R 实例，结果端口冲突，那叫一个抓狂。你可以先用 runPavian(port = 5234) 指定一个端口。

完整安装流程一览

下面这张图梳理了整个安装步骤，适合贴在你的笔记里。红色节点是容易出错的检查点。

常见安装问题与处理

• 「rlang 版本过低」： 更新 rlang：install.packages("rlang") 再装 Pavian。
• 「无法安装 BiocManager」： 检查是否在 R 4.0+ 环境下运行。我曾经用 R 3.6 折腾半天，最后发现是版本问题。
• 「GitHub 安装超时」： 设置 options(timeout = 300) 或者换用 Bioconductor 版本。
• 「Shiny 界面打开一片空白」： 检查浏览器是否阻止了本地端口，或者试试 Chrome 无痕模式。
• 「内存不足」： 运行 memory.limit(size = 8000)（Windows）或增加 swap（Linux/macOS）。