第三章：安装 Shiny — Pavian 依赖环境配置

讲完了 Pavian 能做什么、为什么需要它，咱们得先把它跑起来。Pavian 是个 Shiny 应用，说白了就是跑在 R 环境里的一个 Web 服务。你要是没装过 Shiny 相关的东西，这章就是你的起点。

我刚开始接触 Shiny 时，总觉得“装个包而已，几条命令搞定”。结果呢？卡在权限、版本、端口上折腾了大半天。嗯，这章我把踩过的坑都捋一遍，咱们一次装稳。

3.1 Shiny 是什么？为什么 Pavian 非要它？

Shiny 是 R 语言的一个 Web 框架。它能让你的 R 脚本变成一个交互式网页。用户不用写代码，点几下就能跑分析、看图表。

Pavian 的整个前端界面、上传文件、运行分类、展示结果，全都是基于 Shiny 构建的。你没装 Shiny，Pavian 就只是个代码仓库，跑不起来。

我个人的习惯是：在正式部署前，先在本机搭一个 Shiny Server 测试环境。这样调试方便，也避免一上来就动生产服务器。

3.2 安装 R 环境（如果还没装）

Shiny 是 R 的包，所以第一步：把 R 装好。我的经验是千万别用系统自带的旧版本，Pavian 对 R 版本有要求，至少 4.0 以上。

咱们以 Ubuntu 20.04/22.04 为例。先添加 CRAN 源，再安装。

# 添加 CRAN 源
sudo apt update
sudo apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr
wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"

# 安装 R
sudo apt update
sudo apt install r-base r-base-dev

装完检查版本：

R --version

正常会输出类似 R version 4.3.2 (2023-10-31)。低于 4.0 的，建议重新配源。

3.3 安装 Shiny 核心包

R 环境就绪后，咱们在 R 控制台里安装 shiny 包。注意，有些系统会缺编译工具，提前装好 libcurl4-openssl-dev 之类的库，不然编译时容易卡住。

# 一次性安装系统依赖（Debian/Ubuntu）
sudo apt install libcurl4-openssl-dev libssl-dev libxml2-dev

# 进入 R 控制台
sudo R
> install.packages("shiny", repos = "https://cran.rstudio.com/")

安装过程会下载并编译。网速慢的话，几分钟到十几分钟不等。我建议用 repos 参数指定国内的镜像，比如 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/，能快不少。

装完后测试一下：

> library(shiny)
> runExample("01_hello")

这时候浏览器应该弹出一个小窗口，显示一个带滑动条的交互页面。如果没弹出来，检查一下防火墙或者 R 的端口是不是被占用了。

3.4 安装 Shiny Server（可选但推荐）

Pavian 最终要作为长期服务运行，Shiny Server 能让它开机自启、管理多个应用、支持多用户访问。我个人习惯用 Shiny Server 开源版，免费且够用。

官方提供了 .deb 包，直接下载安装：

# 安装依赖
sudo apt install -y gdebi

# 下载 Shiny Server（以 Ubuntu 22.04 为例）
wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-18.04/x86_64/shiny-server-1.5.22.1000-amd64.deb

# 安装
sudo gdebi shiny-server-1.5.22.1000-amd64.deb

装完后，服务默认启动，监听端口 3838。你可以访问 http://服务器IP:3838，看到 Shiny Server 的欢迎页面就算成功。

我遇到过一个问题：Shiny Server 启动后，访问却报 502。查日志发现是 /srv/shiny-server 目录权限不对。解决方法：

sudo chown -R shiny:shiny /srv/shiny-server
sudo systemctl restart shiny-server

3.5 配置 Shiny Server 让 Pavian 跑起来

Pavian 的源码通常放在 /srv/shiny-server/pavian 下。你需要把 Pavian 的整个文件夹拷贝过去，然后设置正确的用户和权限。

# 假设 Pavian 源码在你当前目录
sudo cp -r pavian /srv/shiny-server/
sudo chown -R shiny:shiny /srv/shiny-server/pavian

然后打开 /etc/shiny-server/shiny-server.conf，看一眼配置。默认的内容大概是这样：

# Instruct Shiny Server to run applications as the user "shiny"
run_as shiny;

# Define a server that listens on port 3838
server {
  listen 3838;

  # Define a location at the base URL
  location / {
    # Host the directory of Shiny Apps stored in this directory
    site_dir /srv/shiny-server;

    # Log all Shiny output to files in this directory
    log_dir /var/log/shiny-server;

    # When a user visits the base URL rather than a particular application,
    # an index of the applications available in this directory will be shown.
    directory_index on;
  }
}

基本不用改。如果你想让 Pavian 在根路径直接显示，可以改成 location /pavian { ... }，但我建议保留 / 的目录索引，方便后期加其他应用。

3.6 验证安装与常见错误

重启 Shiny Server，然后打开浏览器：

sudo systemctl restart shiny-server
# 浏览器访问 http://你的IP:3838/pavian/

正常情况下，你会看到 Pavian 的上传界面。如果报错，先看日志：

sudo tail -f /var/log/shiny-server/pavian-*.log

常见错误及修复对照表：

3.7 本章核心流程总览

咱们把整个安装流程画一张图，方便你对照操作。