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Centrifuge与Kraken2分类性能对比解析

共计 30 章节
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01
引言
宏基因组分类概述及工具发展历程
引言宏基因组分类概述
02
Centrifuge简介
核心原理与FM-index算法
Centrifuge简介
03
Kraken2简介
核心原理与k-mer精确匹配
Kraken2简介
04
Centrifuge数据库构建
索引方法 · 计算资源需求
Centrifuge数据库构建
05
Kraken2数据库构建
k-mer库生成 · 预置库选择
Kraken2数据库构建
06
序列比对算法对比
FM-index vs. k-mer…
序列比对算法对比FM-index
07
分类精度评估指标
准确率 · 召回率 · F1-score
分类精度评估指标准确率
08
性能评估（一）
读取速度与吞吐量对比
性能评估读取速度
09
性能评估（二）
内存占用与数据库大小对比
性能评估内存占用
10
性能评估（三）
分类准确率在标准数据集上的测试
性能评估分类准确率
11
常用基准数据集
模拟数据 · 真实宏基因组数据介绍
常用基准数据集模拟数据
12
实验设计
如何公平对比两种工具（参数调优 · 重复实验）
实验设计如何公平对比两种…
13
Centrifuge命令行参数详解
常用选项与最佳实践
Centrifuge命令行参数详解
14
Kraken2命令行参数详解
常用选项与最佳实践
Kraken2命令行参数详解
15
输出格式解析
Centrifuge的report · tsv格式
输出格式解析Centrifuge
16
输出格式解析
Kraken2的output · report格式
输出格式解析Kraken2
17
多线程与并行性能对比
CPU核数对速度的影响
多线程并行性能对比
18
长读长序列（PacBio、ONT）分类表现对比
长读长序列（PacBio · 核心概念 · 实践要点
PacBioONT
19
低复杂度序列与容错性
不同物种丰度下的鲁棒性
低复杂度序列容错性
20
分类层级能力对比
界 · 门 · 纲
分类层级能力对比重点
21
丰度估计对比
Centrifuge内置估计 vs.…
丰度估计对比Centrifuge
22
Bracken重估计
原理 · 配置及与Kraken2的协同
Bracken重估计
23
与其他工具对比
MetaPhlAn · BUSCO · Kaiju的定位差异
其他工具对比MetaPhlAn
24
实际案例一
人体肠道微生物组分析流程
实际案例一人体肠道微生物组…
25
实际案例二
环境宏基因组（土壤 · 水样）分析
实际案例二环境宏基因组
26
实际案例三
传染病病原体快速检测（临床场景）
实际案例三传染病病原体快速…
27
结果可视化（一）
使用Krona图展示分类层级
结果可视化Krona
28
结果可视化（二）
Pavian交互式仪表盘
结果可视化Pavian
29
常见错误与排错
数据库不匹配 · 内存溢出 · 低质量序列处理
常见错误排错
30
总结与工具选择建议
根据场景选择Centrifuge或K…
工具选择建议Centrifuge