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Snakemake工作流自动化特征工程实践

共计 30 章节
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01
Snakemake简介与安装
Snakemake发展历史 · 核心概念 · 安装配置
Snakemake简介
02
Snakefile基础
规则(Rule) · 输入输出定义 · 通配符
SnakefileRule
03
工作流运行控制
本地运行 · Dry-run · 强制重新运行
工作流运行控制本地运行
04
配置与参数化
Config文件 · 外部参数传递 · 模板化
配置参数化
05
模块化与复用
include · module · 子工作流
模块化复用
06
数据加载与探查
CSV/Parquet读取 · 数据摘要 · EDA集成
数据加载探查
07
缺失值处理工作流
规则设计 · 策略选择（删除/插补）
缺失值处理工作流规则设计
08
特征编码工作流
Label Encoding · One-Hot · 目标编码
特征编码工作流Label
09
特征缩放与标准化
MinMax · StandardScaler · RobustScaler
特征缩放标准化
10
特征选择之过滤法
方差阈值 · 卡方检验 · 互信息
特征选择之过滤法方差阈值
11
特征选择之包装法
递归特征消除(RFE) · 前向/后向选择
特征选择之包装法RFE
12
特征选择之嵌入法
Lasso · 树模型特征重要性
特征选择之嵌入法Lasso
13
特征交叉与组合
Polynomial Feature… · 自定义交叉
特征交叉组合
14
时间特征提取
日期分解 · 滞后特征 · 滚动统计
时间特征提取日期分解
15
文本特征处理
TF-IDF · 词袋 · 预训练嵌入
文本特征处理TF-IDF
16
类别特征高级处理
Count Encoding · WoE · 概率编码
类别特征高级处理Count
17
管道与规则链
多个特征步骤的顺序执行与缓存
管道规则链
18
并行执行与资源管理
--cores · --jobs · 资源声明
并行执行资源管理
19
集群部署
SLURM · SGE · LSF配置文件模板
集群部署SLURM
20
容器集成
Docker/Singularity…
容器集成Docker/Singu…
21
云计算环境
AWS Batch · Google Cloud Life…
云计算环境AWS
22
日志与监控
日志输出 · Benchmark · 报告生成
日志监控
23
可视化工作流
graphviz DAG图 · 规则耗时统计
可视化工作流graphviz
24
测试与验证
输入验证 · 结果比对 · 集成测试
测试验证
25
版本控制与CI/CD
Snakefile版本管理 · GitHub Actions
CI/CD版本控制
26
性能优化
输入输出优化 · 临时文件管理 · 精准缓存
性能优化输入输出优化
27
超参数调优集成
Grid Search · 随机搜索与Snakemake
超参数调优集成Grid
28
生产环境部署
Snakemake作为Pipelin…
生产环境部署Snakemake
29
案例实战一
房价预测特征工程工作流（全流程）
案例实战一房价预测特征工程…
30
案例实战二
金融风控特征工程工作流（含时间窗）
案例实战二金融风控特征工程…