VIP20

本课程属于：056-蛋白配体相互作用特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。

查看所属VIP全部课程 →

← 返回所属目录咨询 / 购买

MM GBSA自由能估计实战教程

共计 30 章节

点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域

MM/GBSA方法概述与应用背景

MM/GBSA方法概述与应用背景 · 核心概念 · 实践要点

MM/GBSA方法概述

自由能计算理论基础

自由能计算理论基础 · 核心概念 · 实践要点

自由能计算理论基…重点

分子力学力场简介

分子力学力场简介 · 核心概念 · 实践要点

分子力学力场简介重点

溶剂化模型与PB/GB模型

溶剂化模型与PB/GB模型 · 核心概念 · 实践要点

PB/GB溶剂化模型

熵项的计算

熵项的计算 · 核心概念 · 实践要点

熵项的计算重点

准备蛋白质-配体复合物结构

准备蛋白质-配体复合物结构 · 核心概念 · 实践要点

准备蛋白质配体复合物结构

使用Amber工具处理结构

使用Amber工具处理结构 · 核心概念 · 实践要点

生成力场参数文件(prmtop, inpcrd)

生成力场参数文件(prmtop · 核心概念 · 实践要点

能量最小化与平衡模拟

能量最小化与平衡模拟 · 核心概念 · 实践要点

能量最小化平衡模拟

生产MD模拟设置

生产MD模拟设置 · 核心概念 · 实践要点

轨迹分析与快照提取

轨迹分析与快照提取 · 核心概念 · 实践要点

轨迹分析快照提取

MM/GBSA计算脚本编写

MM/GBSA计算脚本编写 · 核心概念 · 实践要点

MM/GBSA计算脚本编写

气体相能量计算

气体相能量计算 · 核心概念 · 实践要点

气体相能量计算重点

溶剂化能计算（PB模型）

溶剂化能计算（PB模型） · 核心概念 · 实践要点

PB溶剂化能计算

溶剂化能计算（GB模型）

溶剂化能计算（GB模型） · 核心概念 · 实践要点

GB溶剂化能计算

熵贡献的计算（正则模式分析）

熵贡献的计算（正则模式分析） · 核心概念 · 实践要点

熵贡献的计算正则模式分析

结果汇总与自由能分解

结果汇总与自由能分解 · 核心概念 · 实践要点

结果汇总自由能分解

残基自由能分解

残基自由能分解 · 核心概念 · 实践要点

残基自由能分解重点

结合自由能预测与实验对比

结合自由能预测与实验对比 · 核心概念 · 实践要点

结合自由能预测实验对比

参数选择对结果的影响

常见问题参数选择对结果的…

使用不同力场（ff14SB, ff19SB等）的差异

使用不同力场（ff14SB · 核心概念 · 实践要点

处理多配体/多受体体系

处理多配体/多受体体系 · 核心概念 · 实践要点

处理多配体多受体体系

基于MM/GBSA的虚拟筛选

基于MM/GBSA的虚拟筛选 · 核心概念 · 实践要点

自动化工流

用Python脚本批量计算

自动化工流Python

与MM/PBSA的比较

与MM/PBSA的比较 · 核心概念 · 实践要点

MM/PBSA的比较

非线性溶剂化模型

高级话题非线性溶剂化模型

误差分析与统计方法

误差分析与统计方法 · 核心概念 · 实践要点

误差分析统计方法

一个真实的药物设计项目

案例研究一个真实的药物设…

并行计算与GPU加速

性能优化GPU

总结与前沿发展

总结与前沿发展 · 核心概念 · 实践要点

前沿发展总结与前沿发展