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本课程属于：056-蛋白配体相互作用特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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Rosetta评分函数在结合亲和力预测中的应用

共计 30 章节
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01
Rosetta简介
Rosetta软件套件概述 · 应用领域 · 历史与发展
Rosetta简介
02
评分函数基础
什么是评分函数 · 能量与得分 · 热力学基础
评分函数基础什么是评分函数
03
能量项概览
范德华力 · 静电 · 氢键
能量项概览范德华力
04
ref2015评分函数
ref2015的组成 · 权重 · 常见变体
ref2015评分函数
05
talaris2014评分函数
talaris系列特点 · 与ref2015的区别
talaris2014评分函数
06
打分函数中的范德华项
Lennard-Jones势 · 吸引与排斥 · 原子类型
打分函数范德华项
07
静电相互作用
库仑定律 · 距离依赖介电 · 静电屏蔽
静电相互作用库仑定律
08
氢键能量项
方向性 · 几何标准 · 主链/侧链氢键
氢键能量项方向性
09
溶剂化模型
隐式溶剂（EEF1 · Lazaridis-Karplus） · 溶剂可及表面积
溶剂化模型EEF1
10
熵项与旋转异构体库
侧链构象熵 · rotamer库
熵项旋转异构体库
11
残基间相互作用
配对偏好 · 统计势
残基间相互作用配对偏好
12
蛋白质-配体评分
配体参数化 · 非键相互作用 · 配体内能量
蛋白质配体评分
13
结合自由能预测
ΔG计算 · 结合能评估 · 线性响应近似
结合自由能预测ΔG计算
14
对接打分
RosettaLigand对接流程 · 打分函数选择
对接打分RosettaLigan…
15
柔性对接
侧链柔性 · 骨架柔性 · 诱导契合
柔性对接侧链柔性
16
界面能量分析
interface analyzer · 每残基能量分解
界面能量分析interface
17
突变扫描与丙氨酸扫描
计算突变对结合的影响
突变扫描丙氨酸扫描
18
蛋白质设计中的评分
序列设计 · 正向折叠能量 · 设计约束
蛋白质设计评分
19
能量最小化
梯度下降 · BFGS · 坐标优化
能量最小化梯度下降
20
基于结构的药物设计
虚拟筛选 · hit-to-lead优化
基于结构的药物设…虚拟筛选
21
机器学习增强评分
Rosetta+深度学习 · ML势能
机器学习增强评分Rosetta+
22
评分函数比较
不同评分函数的基准测试 · 性能评估
评分函数比较不同评分函数的基…
23
能量分解与自由能分解
每项贡献 · 热点识别
能量分解自由能分解
24
多体效应与极化
高级能量项 · 极化力场
多体效应极化
25
结合热力学
焓变 · 熵变 · 结合常数预测
结合热力学焓变
26
水分子介导相互作用
水分子处理 · 水桥氢键
水分子介导相互作…水分子处理
27
金属离子与辅因子
金属配位参数 · 特殊能量项
金属离子辅因子
28
大分子对接（蛋白-蛋白）
评分函数设定 · 对接协议
大分子对接蛋白
29
评分函数优化
参数调整 · 自定义权重 · 训练新势能
评分函数优化参数调整
30
实战案例
利用Rosetta预测蛋白-配体结合…
实战案例Rosetta