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本课程属于：056-蛋白配体相互作用特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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PDB数据库获取结构数据全流程指南

共计 30 章节
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01
绪论
PDB数据库简介 · 结构生物学意义 · 课程目标
绪论PDB
02
PDB数据库注册与登录
创建账号 · 访问界面 · API密钥获取
PDB数据库注册
03
搜索PDB条目
基本搜索 · 高级搜索 · 过滤条件
PDB搜索
04
理解PDB文件格式
PDB文件结构 · ATOM记录 · HETATM
PDB理解
05
使用RCSB PDB网站手动下载结构
单文件下载 · 批量下载
RCSBPDB
06
Python环境搭建
安装Python · Anaconda · 虚拟环境
Python环境搭建
07
使用requests库访问PDB REST API
GET请求 · 参数设置
requestsPDB
08
使用Biopython模块
安装Biopython · PDB模块介绍
Biopython使用
09
Biopython PDB.PDBParser
解析PDB文件为结构对象
BiopythonPDB.PDBParse…
10
从PDB ID获取结构
使用Bio.PDB.PDBList下…
PDBID
11
操作结构对象
获取链 · 残基 · 原子信息
操作结构对象获取链
12
提取坐标信息
获取原子坐标 · 计算距离 · 角度
提取坐标信息获取原子坐标
13
处理多个模型
NMR模型 · 晶体学不对称单元
处理多个模型NMR
14
处理水分子和配体
识别和提取
处理水分子配体
15
使用PDBx/mmCIF格式
了解mmCIF · 使用Python解析
PDBx/mmCIF使用
16
使用PDB API搜索
基于序列相似性 · 结构相似性搜索
PDBAPI
17
使用PDB GraphQL接口
查询元数据 · 实验信息
PDBGraphQL
18
大规模批量下载
并行下载 · 速率限制处理
大规模批量下载并行下载
19
数据质量控制
分辨率 · R因子 · 结构验证
数据质量控制分辨率
20
从PDB获取生物组装
生物组装与不对称单元的区别
PDB获取生物组装
21
使用PDB REST API获取注释
功能注释 · GO terms
PDBREST
22
使用Pandas处理PDB元数据
表格化 · 统计分析
PandasPDB
23
可视化PDB结构
使用py3Dmol · nglviewer
PDB可视化
24
三维结构比对
使用Biopython的Superi…
三维结构比对Biopython
25
计算RMSD
对接到其他结构
RMSD计算
26
从PDB获取同源信息
同源模型 · HHpred
PDB获取同源信息
27
使用PDB数据库中的小分子
PDB ligand info · SMILES
PDB使用
28
自动化工作流
构建脚本 · 定时任务 · 日志记录
自动化工作流构建脚本
29
案例实践
从PDB获取某蛋白质的结构并分析
案例实践PDB
30
课程总结
常见问题 · 资源推荐 · 未来方向
课程总结常见问题