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蛋白质-配体结构数据清洗与预处理方法

共计 30 章节
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01
课程导论
蛋白质-配体结构数据的来源与预处理的…
课程导论蛋白质
02
PDB数据库下载与批量获取蛋白质-配体复合物结构
PDB数据库下载与批量获取蛋白质-配体复… · 核心概念 · 实践要点
PDB数据库下载
03
PDB文件格式解析
原子记录 · 残基链标识与六列坐标系统
PDB文件格式解析
04
PDB文件常见问题
缺失原子 · 交替构象与不合理的键序
PDB文件常见问题
05
使用BioPython解析PDB文件并提取蛋白质-配体信息
使用BioPython解析PDB文件并提… · 核心概念 · 实践要点
BioPythonPDB
06
配体结构识别策略
HETATM记录与配体残基命名约定
配体结构识别策略HETATM
07
非标准残基与修饰残基的处理（如磷酸化、糖基化）
非标准残基与修饰残基的处理（如磷酸化 · 核心概念 · 实践要点
非标准残基修饰残基的处理
08
水分子与结晶溶剂的过滤
保留必要水或完全去除
水分子结晶溶剂的过滤
09
金属离子与辅因子的保留与区分（Zn、Mg、NAD等）
金属离子与辅因子的保留与区分（Zn · 核心概念 · 实践要点
ZnMg
10
配体结构的标准化
键序 · 形式电荷与芳香性检测
配体结构的标准化键序
11
使用RDKit修正配体化学价与隐式氢的添加
使用RDKit修正配体化学价与隐式氢的添… · 核心概念 · 实践要点
RDKit使用
12
配体质子化状态与pH环境的模拟（如pH 7.4）
配体质子化状态与pH环境的模拟（如pH… · 核心概念 · 实践要点
pH配体质子化状态
13
蛋白质结构准备
补全缺失侧链与末端残基（BuildM…
蛋白质结构准备BuildM
14
加氢原子优化氢键网络（Reduce、PDB2PQR工具）
加氢原子优化氢键网络（Reduce · 核心概念 · 实践要点
ReducePDB2PQR
15
能量最小化与结构弛豫
去除原子间的剧烈碰撞
能量最小化结构弛豫
16
对接预处理
格点框生成与活性位点定义
对接预处理格点框生成
17
多构象与同源模型的筛选与清洗策略
多构象与同源模型的筛选与清洗策略 · 核心概念 · 实践要点
多构象同源模型的筛选
18
蛋白质-配体结构对齐与RMSD计算比较
蛋白质-配体结构对齐与RMSD计算比较 · 核心概念 · 实践要点
RMSD蛋白质
19
数据清洗流程自动化脚本编写（Bash与Python结合）
数据清洗流程自动化脚本编写（Bash与P… · 核心概念 · 实践要点
BashPython
20
配体构象采样与低能构象的选取
配体构象采样与低能构象的选取 · 核心概念 · 实践要点
配体构象采样低能构象的选取
21
手性中心与立体化学信息验证与修复
手性中心与立体化学信息验证与修复 · 核心概念 · 实践要点
手性立体化学信息验证
22
常见配体分子格式转换（PDB ↔ SDF ↔ MOL2 ↔ SMILES）
常见配体分子格式转换（PDB ↔ SDF… · 核心概念 · 实践要点
PDBSDF
23
使用OpenBabel清洗与转换结构文件
使用OpenBabel清洗与转换结构文件 · 核心概念 · 实践要点
OpenBabel使用
24
数据质量控制
异常值检测与序列一致性检查
数据质量控制异常值检测
25
结合位点的提取
以配体为中心截取结合口袋
结合位点的提取以配体为
26
大规模数据集（PDBbind、BindingDB）的批量清洗
大规模数据集（PDBbind · 核心概念 · 实践要点
PDBbindBindingDB
27
去除冗余晶体结构
基于序列与配体相似性去冗余
去除冗余晶体结构基于序列
28
分子描述符与特征向量的生成（用于后续机器学习）
分子描述符与特征向量的生成（用于后续机器… · 核心概念 · 实践要点
分子描述符特征向量的生成
29
数据划分策略
训练集/验证集/测试集的保持一致性
数据划分策略训练集
30
课程总结与典型清洗管线实战案例复盘
课程总结与典型清洗管线实战案例复盘 · 核心概念 · 实践要点
课程总结典型清洗管线实战…