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自由能估计指导药物筛选案例分析

共计 30 章节
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01
自由能估计基础
什么是自由能 · 为什么要估计自由能 · 热力学原理简介
自由能估计基础什么是自由能
02
结合自由能概念
蛋白-配体结合自由能及其在药物筛选中…
结合自由能概念蛋白
03
热力学循环与自由能变化
构建热力学循环 · 计算结合自由能差
热力学循环自由能变化
04
分子动力学模拟基础
力场 · 周期性边界条件 · 积分算法简要回顾
分子动力学模拟基…力场
05
自由能扰动（FEP）理论
逐步微扰法与Zwanzig方程
FEP自由能扰动
06
热力学积分（TI）方法
耦合参数λ的积分路径
TI热力学积分
07
MM/GBSA方法
分子力学-广义玻恩表面积法原理与近似
MM/GBSA分子力学
08
MM/PBSA方法
泊松-玻尔兹曼表面积法及其适用场景
MM/PBSA泊松
09
自由能估计工具概览
GROMACS · AMBER · NAMD
自由能估计工具概…GROMACS
10
GROMACS中的自由能计算
设置双拓扑与单拓扑
GROMACS自由能计算
11
AMBER中自由能计算
结合MM/GBSA与FEP的实现
AMBER自由能计算
12
λ态设置与参数化
如何选择中间态 · 窗口数量与步长
λ态设置参数化
13
能量收敛判断
平衡时间 · 采样充分性 · 误差分析
能量收敛判断平衡时间
14
条形图与重加权方法
BAR · MBAR提升估计精度
条形图重加权方法
15
结合自由能分解
残基能量分解 · 热力学贡献分析
结合自由能分解残基能量分解
16
自由能估计的常见误差源
力场偏差 · 采样不足 · 滞后效应
自由能估计的常见…力场偏差
17
案例一
激酶抑制剂筛选——MM/GBSA快速…
案例一MM/GBSA
18
案例二
GPCR配体结合——FEP预测结合自…
案例二GPCR
19
案例三
蛋白酶抑制剂优化——自由能引导先导物…
案例三蛋白酶抑制剂优化
20
自由能图与热力学图谱
从单点到全面扫描
自由能图热力学图谱
21
结合位点水分子处理
水分子对自由能的影响与显式水模型
结合位点水分子处…水分子对自由能的…
22
熵与焓的贡献
通过能量分解理解结合驱动力
焓的贡献通过能量分解理解…
23
绝对结合自由能与相对结合自由能
适用场景比较
绝对结合自由能相对结合自由能
24
多靶点选择性预测
自由能差值评估选择性谱
多靶点选择性预测自由能差值评估选…
25
虚拟筛选与自由能排序
将自由能估计集成到虚拟筛选流程
虚拟筛选自由能排序
26
机器学习辅助自由能估计
结合深度学习加速预测
机器学习辅助自由…结合深度学习加速…
27
高性能计算策略
并行化与GPU加速自由能计算
高性能计算策略GPU
28
自动化工作流
脚本化批处理自由能计算与结果分析
自动化工作流脚本化批处理自由…
29
结果可视化与报告
绘制自由能曲线 · 误差棒 · 能量组分热图
结果可视化报告
30
未来趋势
端到端自由能预测 · 大规模自由能数据库构建
未来趋势端到端自由能预测