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分子特征学习在虚拟筛选中的实践

共计 30 章节
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01
分子特征学习概述
定义 · 意义与应用场景
分子特征学习概述定义
02
虚拟筛选简介
原理 · 流程与常用方法
虚拟筛选简介原理
03
分子表示方法
SMILES · InChI · 分子图
分子表示方法SMILES
04
分子指纹
ECFP · MACCS · PubChem指纹
分子指纹ECFP
05
分子描述符
理化性质 · 拓扑指数 · 量子化学描述符
分子描述符理化性质
06
图神经网络基础
图卷积 · 消息传递机制
图神经网络基础图卷积
07
分子图神经网络
MPNN · GAT · GIN
分子图神经网络MPNN
08
自监督学习在分子特征中的应用
对比学习 · 掩码建模
自监督学习分子特征
09
分子预训练模型
MolCLR · GROVER · GraphMVP
分子预训练模型MolCLR
10
分子特征提取实战
使用RDKit计算描述符
分子特征提取实战RDKit
11
分子特征提取实战
使用DeepChem生成指纹
分子特征提取实战DeepChem
12
分子特征提取实战
使用PyTorch Geometri…
分子特征提取实战PyTorch
13
虚拟筛选数据集
ChEMBL · ZINC · PDBbind
虚拟筛选数据集ChEMBL
14
数据预处理
标准化 · 标准化与相似性聚类
数据预处理标准化
15
特征选择与降维
PCA · t-SNE · 特征重要性评估
特征选择降维
16
传统机器学习方法
随机森林 · XGBoost · 支持向量机
传统机器学习方法随机森林
17
深度学习方法
MLP · Graph Neural Netwo…
深度学习方法MLP
18
模型评估指标
AUC · F1 · PR曲线
模型评估指标AUC
19
交叉验证与超参数调优
Grid Search · 贝叶斯优化
交叉验证超参数调优
20
虚拟筛选流程构建
从特征提取到预测
虚拟筛选流程构建从特征提取到预测
21
基于分子特征的活性预测案例
激酶抑制剂筛选
基于分子特征的活…激酶抑制剂筛选
22
基于分子特征的ADMET预测
毒性 · 溶解性 · 代谢
ADMET基于分子特征的
23
分子相似性搜索
Tanimoto系数 · 基于指纹的筛选
分子相似性搜索Tanimoto
24
基于分子特征的虚拟筛选实战
开源工具Dockstream集成
基于分子特征的虚…Dockstream
25
分子生成与特征学习结合
VAE · GAN · 扩散模型
分子生成特征学习结合
26
可解释性在分子特征学习中的应用
注意力机制 · SHAP
可解释性分子特征学习
27
多任务学习与元学习在分子特征中的应用
多任务学习与元学习在分子特征中的应用 · 核心概念 · 实践要点
多任务学习元学习
28
数据增强策略
SMOTE · 图增强 · 反应增强
数据增强策略SMOTE
29
大规模分子特征学习
分布式训练与GPU加速
大规模分子特征学…GPU
30
未来趋势与挑战
三维分子特征 · 等变网络 · 量子化学特征
未来趋势挑战