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使用Snakemake实现特征工程实战指南

共计 30 章节
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01
Snakemake入门
Snakemake简介 · 为什么选择Snakemake进行特征… · 安装与环境配置
Snakemake简介
02
Snakefile基础
规则(Rule)的构成 · 输入输出文件 · 通配符(wildcards)的使用
SnakefileRule
03
Snakemake核心概念
规则依赖 · DAG图生成 · 作业调度与并行执行
Snakemake核心概念
04
特征工程Pipeline设计
用Snakemake串联数据清洗 · 特征提取 · 特征选择流程
Pipeline特征工程
05
读取与处理CSV数据
规则内使用pandas读取CSV · 输出清洗后的中间文件
CSV读取
06
处理缺失值
规则封装均值/中位数/众数填充 · 或删除缺失行
处理缺失值规则封装均值
07
编码类别特征
规则实现LabelEncoder · OneHotEncoder · TargetEncoder
编码类别特征LabelEncoder
08
数值特征标准化与归一化
规则封装StandardScaler · MinMaxScaler · RobustScaler
数值特征标准化归一化
09
特征交叉与多项式特征
规则实现PolynomialFeat… · 生成交互特征
特征交叉多项式特征
10
文本特征提取
规则使用TfidfVectorize…
文本特征提取TfidfVectori…
11
日期特征分解
规则从日期列提取年 · 月 · 日
日期特征分解规则从日期列提取…
12
聚合统计特征
规则对分组数据计算均值 · 方差 · 最大值
聚合统计特征规则对分组数据计…
13
滑动窗口特征
规则在时间序列上生成滚动均值 · 滚动标准差
滑动窗口特征规则
14
特征选择之方差阈值
规则使用VarianceThresh…
特征选择之方差阈…VarianceThre…
15
特征选择之卡方检验
规则使用SelectKBest(ch…
特征选择之卡方检…SelectKBest
16
特征选择之互信息
规则使用mutual_info_cl…
特征选择之互信息mutual
17
特征选择之递归特征消除
规则包装RFE与估计器实现特征筛选
特征选择之递归特…RFE
18
特征选择之基于模型
规则使用随机森林特征重要性或L1正则…
特征选择之基于模…L1
19
主成分分析(PCA)降维
规则调用sklearn PCA输出降…
PCA主成分分析
20
独立成分分析(ICA)与因子分析
规则实现ICA和FactorAnal…
ICA独立成分分析
21
配置化特征工程
使用config.yaml管理特征列… · 参数 · 路径
配置化特征工程config.yaml
22
按类别划分规则
将不同处理步骤放入单独规则文件 · 用include组织
按类别划分规则将不同处理步骤放…
23
使用资源限制
规则中设置内存 · CPU · 磁盘等资源需求
使用资源限制规则
24
错误处理与重试
规则中捕获异常 · 设置retries · 编写日志
错误处理重试
25
运行报告与可视化
使用Snakemake报告功能查看D…
运行报告可视化
26
分步执行与断点续跑
使用`--until · --rerun-incomplete…
分步执行断点续跑
27
集成机器学习模型
规则内训练模型并保存 · 特征工程作为预处理步骤
集成机器学习模型规则内训练模型并…
28
特征工程结果验证
规则对比原始特征与工程后特征的模型性…
特征工程结果验证规则对比原始特征
29
大规模特征工程
结合Snakemake集群或云批次并…
大规模特征工程Snakemake
30
实战案例
房价预测特征工程完整Snakemak…
实战案例Snakemak