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生物信息学与 AI 制药工程
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056-蛋白配体相互作用特征学习任务
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《使用Nextflow搭建特征学习自动化管线》
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本课程属于:056-蛋白配体相互作用特征学习任务
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使用Nextflow搭建特征学习自动化管线
共计 30 章节
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01
Nextflow入门
什么是Nextflow?工作流管理 · 核心概念
Nextflow
什么是
02
Nextflow安装与配置
环境要求 · 安装方法 · 配置文件
Nextflow
安装
03
Nextflow基础语法
DSL2 · 进程(process) · 通道(channel)
Nextflow
基础语法
04
Nextflow进程详解
输入 · 输出 · 脚本
Nextflow
进程详解
05
Nextflow通道与数据流
通道类型(value · queue · file)
Nextflow
通道
06
Nextflow工作流定义
workflow块 · 过程调用 · 条件分支
Nextflow
工作流定义
07
Nextflow调试与日志
运行日志 · 错误处理 · 调试技巧
Nextflow
调试
08
Nextflow模块化
模块定义 · 引用 · 重用
Nextflow
模块化
09
Nextflow参数与配置
参数定义 · 配置文件 · profile
Nextflow
参数
10
Nextflow执行环境
本地 · 集群 · 云(AWS Batch
Nextflow
执行环境
11
特征学习基础
什么是特征学习?特征工程 vs 自动…
特征学习基础
vs
12
数据预处理
使用Nextflow处理原始数据(C… · 图像 · 文本)
数据预处理
Nextflow
13
特征提取
统计特征 · 时序特征 · 文本特征(TF-IDF
特征提取
统计特征
14
特征选择
过滤法 · 包裹法 · 嵌入法
特征选择
过滤法
15
自动特征生成
使用Featuretools等工具 · 集成到Nextflow
自动特征生成
Featuretools
16
机器学习模型训练
集成scikit-learn · 训练分类/回归模型
机器学习模型训练
scikit-learn
17
模型评估与验证
交叉验证 · 评估指标 · 在Nextflow中实现
模型评估
验证
18
超参数调优
网格搜索 · 随机搜索 · 使用Nextflow参数化
超参数调优
网格搜索
19
深度学习特征学习
集成PyTorch/TensorFl… · 自动编码器
深度学习特征学习
PyTorch/Tens…
20
特征可视化
t-SNE · PCA · 在Nextflow中生成图表
特征可视化
t-SNE
21
Nextflow与Docker/Singularity
容器化环境 · 确保可重复性
Nextflow
Docker/Singu…
22
Nextflow工作流版本控制
使用Git · 发布流程
Nextflow
工作流版本控制
23
Nextflow与云存储
S3 · GCS · Azure Blob
Nextflow
云存储
24
Nextflow工作流自动化
定时任务 · CI/CD集成
Nextflow
工作流自动化
25
特征学习管线案例
端到端项目(如客户流失预测)
特征学习管线案例
端到端项目
26
大规模数据处理
Nextflow与Spark/Das…
大规模数据处理
Nextflow
27
Nextflow最佳实践
错误重试 · 资源管理 · 性能优化
Nextflow
最佳实践
28
特征存储与特征仓库
使用Feast等工具 · 与Nextflow集成
特征存储
特征仓库
29
特征学习管线监控与日志
使用Nextflow的追踪和报告
特征学习管线监控
日志
30
课程总结与进阶方向
扩展学习资源 · 实战建议
课程总结
进阶方向
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