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本课程属于：056-蛋白配体相互作用特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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从PDB到特征：结构数据处理实操

共计 30 章节
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01
PDB文件格式入门
历史 · 数据来源与下载方法
PDB文件格式入门
02
PDB文件结构解析
记录类型 · ATOM记录详解
PDB文件结构解析
03
使用BioPython解析PDB文件
安装 · 读取 · 遍历模型与链
BioPythonPDB
04
残基与原子对象操作
残基类型 · 链标识 · 原子名称与坐标
残基原子对象操作
05
非标准残基与配体处理
HETATM记录 · 修饰残基
非标准残基配体处理
06
结构质量评估
分辨率 · R值 · B因子
结构质量评估分辨率
07
几何特征提取（一）
键长计算与统计
几何特征提取键长计算
08
几何特征提取（二）
键角与二面角计算
几何特征提取键角
09
氨基酸接触图构建
距离阈值 · 接触矩阵
氨基酸接触图构建距离阈值
10
溶剂可及表面积计算
使用FreeSASA或BioPyth…
溶剂可表面积计算
11
二级结构分配
DSSP原理与调用
二级结构分配DSSP
12
二级结构特征提取
残基二级结构归属与转态
二级结构特征提取残基二级结构归属
13
残基深度与包埋性计算
相对表面可及性
残基深度包埋性计算
14
氢键网络分析
选型 · 距离与角度判别
氢键网络分析选型
15
疏水核心与亲水区域识别
疏水核心与亲水区域识别 · 核心概念 · 实践要点
疏水核心亲水区域识别
16
结构比对基础
最小二乘法 · Kabsch算法
结构比对基础最小二乘法
17
RMSD计算与可视化
PyMOL与MDTraj两种方式
RMSD计算
18
叠合（alignment）与结构差异区域
叠合（alignment）与结构差异区域 · 核心概念 · 实践要点
alignment叠合
19
进化信息整合
序列保守性与共进化特征
进化信息整合序列保守性
20
特征归一化与标准化
Z-score · Min-Max
特征归一化标准化
21
缺失值处理
插值 · 掩码或删除策略
缺失值处理插值
22
特征保存与格式转换
NumPy数组 · HDF5 · CSV
特征保存格式转换
23
蛋白质动力学初步
从PDB到轨迹的特征提取
蛋白质动力学初步PDB
24
使用MDAnalysis进行轨迹分析
均方根涨落 · 回旋半径
MDAnalysis使用
25
残基接触分析与协同运动
残基接触分析与协同运动 · 核心概念 · 实践要点
残基接触分析协同运动
26
结合口袋特征提取
形状 · 静电 · 疏水性
结合口袋特征提取形状
27
几何哈希与3D指纹特征
几何哈希与3D指纹特征 · 核心概念 · 实践要点
几何哈希3D指纹特征
28
基于图的特征
残基相互作用网络拓扑参数
基于图的特征残基相互作用网络…
29
深度学习特征预处理
坐标对齐 · 体素化与高斯密度
深度学习特征预处…坐标对齐
30
完整实操项目
从PDB到机器学习特征矩阵的全流程
完整实操项目PDB