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Visium数据预处理与质控实战教程

共计 30 章节
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01
Visium技术概述与数据生成原理
Visium技术概述与数据生成原理 · 核心概念 · 实践要点
Visium技术概述
02
原始数据下载与格式解析
原始数据下载与格式解析 · 核心概念 · 实践要点
原始数据下载格式解析
03
实验设计
样品制备与捕获芯片
实验设计样品制备
04
测序数据（FASTQ）质量控制基础
测序数据（FASTQ）质量控制基础 · 核心概念 · 实践要点
FASTQ测序数据
05
Space Ranger软件安装与环境配置
Space Ranger软件安装与环境配… · 核心概念 · 实践要点
SpaceRanger
06
使用Space Ranger进行表达矩阵生成
使用Space Ranger进行表达矩阵… · 核心概念 · 实践要点
SpaceRanger
07
理解Space Ranger输出文件结构
理解Space Ranger输出文件结构 · 核心概念 · 实践要点
SpaceRanger
08
SPT与BAM文件解读
SPT与BAM文件解读 · 核心概念 · 实践要点
SPTBAM
09
组织学图像导入与处理
组织学图像导入与处理 · 核心概念 · 实践要点
组织学图像导入处理
10
图像配准与斑点坐标获取
图像配准与斑点坐标获取 · 核心概念 · 实践要点
图像配准斑点坐标获取
11
表达矩阵与空间坐标结合
表达矩阵与空间坐标结合 · 核心概念 · 实践要点
表达矩阵空间坐标结合
12
细胞/斑点过滤基础
UMI计数与基因数
细胞斑点过滤基础
13
质控指标
线粒体基因百分比与核糖体RNA
质控指标RNA
14
使用Scanpy进行Visium数据读取
使用Scanpy进行Visium数据读取 · 核心概念 · 实践要点
ScanpyVisium
15
数据预处理
标准化与对数转换
数据预处理标准化
16
高变基因识别与特征选择
高变基因识别与特征选择 · 核心概念 · 实践要点
高变基因识别特征选择
17
降维分析
PCA原理与实践
降维分析PCA
18
聚类分析
Louvain/Leiden算法
聚类分析Louvain/Leid…
19
空间可视化
斑点类型与基因表达
空间可视化斑点类型
20
批次效应检测与校正
批次效应检测与校正 · 核心概念 · 实践要点
批次效应检测校正
21
空间斑点与组织区域对应分析
空间斑点与组织区域对应分析 · 核心概念 · 实践要点
空间斑点组织区域对应分析
22
差异表达分析基础
差异表达分析基础 · 核心概念 · 实践要点
差异表达分析基础重点
23
空间自相关与Moran's I
空间自相关与Moran's I · 核心概念 · 实践要点
Moran空间自相关
24
空间变异基因检测（HVG空间版本）
空间变异基因检测（HVG空间版本） · 核心概念 · 实践要点
HVG空间变异基因检测
25
SpotClean去除背景污染
SpotClean去除背景污染 · 核心概念 · 实践要点
SpotClean去除背景污染
26
细胞类型反卷积初步
细胞类型反卷积初步 · 核心概念 · 实践要点
细胞类型反卷积初…重点
27
空间转录组与单细胞数据整合
空间转录组与单细胞数据整合 · 核心概念 · 实践要点
空间转录组单细胞数据整合
28
空间基因集富集分析（GSEA）
空间基因集富集分析（GSEA） · 核心概念 · 实践要点
GSEA空间基因集富集分…
29
交互可视化工具（Vitessce/SPATA）
交互可视化工具（Vitessce/SPA… · 核心概念 · 实践要点
Vitessce/SPA…交互可视化工具
30
项目实战
肿瘤样本Visium数据分析流程
项目实战Visium