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本课程属于：047-空间转录组特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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Python空间转录组工具链实战

共计 30 章节
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01
空间转录组学概述
技术原理 · 应用场景 · 常见平台（10x Visium
空间转录组学概述技术原理
02
Python环境搭建
Anaconda安装 · 创建虚拟环境 · 安装核心库（Scanpy
Python环境搭建
03
数据格式入门
了解h5ad格式 · AnnData对象结构 · 读取10x Visium数据
数据格式入门h5ad
04
数据预处理
质量控制（基因数 · 线粒体比例 · spatial背景）
数据预处理质量控制
05
标准化与对数化
CPM · SCTransform · log1p标准化
标准化对数化
06
高变基因选择
计算基因方差 · 选取top高变基因
高变基因选择计算基因方差
07
降维与聚类
PCA · t-SNE · UMAP
降维聚类
08
空间可视化
Squidpy绘制空间散点图 · 基因表达空间分布
空间可视化Squidpy
09
细胞类型注释
基于marker基因手动注释 · 使用singleR自动注释
细胞类型注释marker
10
差异表达分析
t检验 · Wilcoxon秩和检验 · pyDeseq2使用
差异表达分析t检验
11
空间变量基因检测
Squidpy的spatial au… · Geary's C）
空间变量基因检测Squidpy
12
空间共表达模块
WGCNA-like方法 · 非负矩阵分解（NMF）
空间共表达模块WGCNA-like
13
空间邻里分析
Cell2location · 核密度估计 · 空间邻域组成
空间邻里分析Cell2locatio…
14
配受体相互作用分析
Squidpy的ligand-rec… · CellChat（Python版）
配受体相互作用分…Squidpy
15
细胞通信网络可视化
网络图绘制 · 热图展示
细胞通信网络可视…网络图绘制
16
空间轨迹推断
Slingshot · PAGA · StemID在空间数据上的应用
空间轨迹推断Slingshot
17
多切片整合
Harmony · scVI · BBKNN对齐不同切片
多切片整合Harmony
18
空间转录组与scRNA-seq整合
映射参考图谱 · 标签转移
scRNA-seq空间转录组
19
空间区域划分
基于组织学图像分割（H&E stai… · spot聚类
空间区域划分stai
20
空间共定位分析
计算基因对的空间共定位分数
空间共定位分析计算基因对的空间…
21
空间增强子/调控分析
使用ArchR · Cicero（如果适用）但调整
空间增强子调控分析
22
空间代谢分析
结合代谢通路基因集打分（GSVA · AUCell）
空间代谢分析GSVA
23
空间免疫微环境分析
免疫细胞浸润评估 · 空间T细胞/巨噬细胞分布
空间免疫微环境分…免疫细胞浸润评估
24
空间肿瘤异质性分析
拷贝数变异推断（inferCNV） · 肿瘤亚克隆空间分布
空间肿瘤异质性分…inferCNV
25
空间细胞周期分析
细胞周期打分 · 空间增殖区域识别
空间细胞周期分析细胞周期打分
26
空间基因调控网络
SCENIC（pySCENIC）应用…
空间基因调控网络SCENIC
27
空间细胞互作网络
CellPhoneDB · NicheNet应用
空间细胞互作网络CellPhoneDB
28
空间数据可视化高级技巧
多panel布局 · 动画 · 交互式可视化（Plotly）
空间数据可视化高…panel
29
空间转录组工具链总结
常见工作流 · 选型建议 · 最佳实践
空间转录组工具链…常见工作流
30
实战案例
完整分析一个10x Visium数据…
实战案例Visium