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Vina参数对结果影响解析课程

共计 30 章节
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01
Vina简介与安装
AutoDock Vina的起源 · 功能 · 安装方法（Linux/Windows…
Vina简介
02
输入文件准备
受体与配体结构文件格式（PDBQT） · 以及使用ADT或OpenBabel转…
输入文件准备PDBQT
03
输出文件解析
对接结果文件（pdbqt · log）的字段含义与构象提取
输出文件解析pdbqt
04
对接盒参数（Grid Box）
center_x · center_y · center_z
GridBox
05
搜索空间大小对对接结果的影响
盒子尺寸与精度 · 速度的权衡
搜索空间大小对对…盒子尺寸
06
exhaustiveness参数详解
搜索深度对全局最优解的影响及合理取值
exhaustivene…参数详解
07
num_modes参数
输出构象模式数量的作用与建议值
nummodes
08
energy_range参数
能量窗口控制输出构象的能量范围
energyrange
09
seed参数
随机种子设置与对接结果的可重复性
seed参数
10
cpu参数
并行计算线程数对速度的影响及资源管理
cpu参数
11
搜索算法基础
Vina采用的蒙特卡洛+遗传算法概述
搜索算法基础Vina
12
局部优化与全局搜索的平衡
exhaustiveness与算法迭…
局部优化全局搜索的平衡
13
Vina评分函数
默认评分函数中的能量项（范德华 · 静电 · 去溶剂化等）
Vina评分函数
14
评分函数各能量项解析
对对接结果打分的贡献与常见误差来源
评分函数各能量项…对对接结果打分的…
15
刚性对接与柔性对接
残基柔性设置对结合模式的影响
刚性对接柔性对接
16
柔性残基的指定方法
通过ADT设定侧链可旋转键
柔性残基的指定方…ADT
17
多配体对接与虚拟筛选
批量运行Vina的参数控制与结果汇总
多配体对接虚拟筛选
18
批处理脚本编写
利用Shell或Python循环处理…
批处理脚本编写Shell
19
对接结果排序与聚类
基于RMSD的聚类算法与代表构象选取
对接结果排序聚类
20
能量排名与构象多样性
不同参数下排名稳定性的对比
能量排名构象多样性
21
参数组合优化策略
网格搜索或贝叶斯优化调参方法
参数组合优化策略网格搜索或贝叶斯…
22
常见错误与调试技巧
输入文件格式错误 · 参数冲突等排查
常见错误调试技巧
23
验证对接参数
使用已知复合物进行重对接 · 评估RMSD
验证对接参数使用已知复合物进…
24
利用AutoDock Tools（ADT）辅助参数设置
图形化操作流程
AutoDockTools
25
利用Python脚本控制Vina参数
pybel · meeko等库的调用
PythonVina
26
机器学习优化Vina参数
基于历史结果训练代理模型
Vina机器学习优化
27
不同体系的参数调优案例
蛋白-药物 · 蛋白-多肽 · 核酸-配体
不同体系的参数调…蛋白
28
参数对对接精度的影响分析
exhaustiveness与RMS…
参数对对接精度的…exhaustivene…
29
速度与精度的权衡
实际项目中的常见参数推荐值
速度精度的权衡
30
Vina未来发展与其他对接软件比较
AutoDock4 · DOCK · Glide等对比
Vina未来发展