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AutoDock Vina安装与配置指南

共计 30 章节
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01
AutoDock Vina 简介
发展历程 · 核心特点 · 在药物设计中的定位与优势
AutoDockVina
02
系统环境准备
支持的 Linux/Windows/…
系统环境准备Linux/Window…
03
依赖软件安装
Python 环境 · OpenBabel · Boost 及 C++ 编译工具链
依赖软件安装Python
04
源码下载
从官方 GitHub 仓库获取 Vi…
源码下载GitHub
05
编译安装（Linux）
使用 CMake 与 make 的完…
Linux编译安装
06
编译安装（Windows）
MinGW / MSYS2 环境下的…
Windows编译安装
07
编译安装（macOS）
Homebrew 依赖管理及 Xco…
macOS编译安装
08
ADFR 工具包安装
AutoDock Tools · prepare_receptor · prepare_ligand 等工具
ADFR工具包安装
09
环境变量配置
将 Vina 及辅助脚本加入 PAT… · 确保全局可用
环境变量配置Vina
10
运行测试
用官方示例小分子验证安装是否成功
运行测试用官方示例小分子…
11
受体制备流程
去除水分子 · 补全残基 · 加氢
受体制备流程去除水分子
12
配体制备流程
小分子结构优化 · 扭转键定义 · 输出为 pdbqt 格式
配体制备流程小分子结构优化
13
Grid Box 设置
定义对接盒子位置与大小的三种方法（手… · 脚本 · AutoDock Tools）
GridBox
14
配置文件（conf.txt）详解
受体 · 配体 · 盒子坐标
conf.txt配置文件
15
单次对接运行
命令行基本用法与输出文件（log · pdbqt）解读
单次对接运行log
16
对接结果分析
Vina 打分函数 · 结合模式排名 · RMSD 计算
对接结果分析Vina
17
批量对接脚本
用 Python 或 Shell 对…
批量对接脚本Python
18
PyRx 集成使用
图形化界面安装配置与快速对接流程
PyRx集成使用
19
GPU 加速
Vina-GPU / VinaLC…
GPU加速
20
多线程并行
利用 OpenMP 或 MPI 提升…
多线程并行OpenMP
21
虚拟筛选实战
从化合物库到候选分子全流程搭建
虚拟筛选实战从化合物库到候选…
22
常见错误与解决
权限错误 · 依赖缺失 · pdbqt 格式异常等
常见错误解决
23
日志与调试
使用 --verbosity 参数分…
日志调试
24
与其他分子对接软件比较
AutoDock4 · Glide · DOCK 等的安装配置差异
其他分子对接软件…AutoDock4
25
版本升级迁移
从 Vina 1.1.2 到 Vin…
版本升级迁移Vina
26
权限与安全
多用户环境下的安装及共享配置方法
权限安全
27
远程服务器部署
在集群或云主机上无图形化安装配置
远程服务器部署集群或云主机上无…
28
自定义脚本扩展
利用 Python 调取 Vina…
自定义脚本扩展Python
29
综合案例
从蛋白质结构准备到最终结合模式可视化…
综合案例从蛋白质结构准备…
30
总结与最佳实践
安装配置避坑清单 · 性能调优建议与学习资源推荐
最佳实践安装配置避坑清单