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AutoDock Vina参数优化与特征构建协同实战

共计 30 章节
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01
第1节
AutoDock Vina简介与发展…
第1节AutoDock
02
第2节
分子对接基本原理与评分函数
第2节分子对接基本原理
03
第3节
Vina安装与命令行基础
第3节Vina
04
第4节
受体和配体文件的准备（PDBQT格式…
第4节PDBQT
05
第5节
搜索空间定义与Grid Box设置
第5节Grid
06
第6节
Vina运行参数详解（--exhau… · --num_modes等）
第6节Vina
07
第7节
对接结果分析与输出文件解读
第7节对接结果分析
08
第8节
Vina参数优化的必要性与基本思路
第8节Vina
09
第9节
穷举度（exhaustiveness…
第9节exhaustivene…
10
第10节
能量范围（energy_range）…
第10节energy
11
第11节
遗传算法参数调优（populatio… · ga_run等）
第11节populatio
12
第12节
自定义评分函数权重与Vina的灵活性
第12节Vina
13
第13节
多配体批量对接脚本编写与参数批量测试
第13节多配体批量对接脚…
14
第14节
特征构建基础——从对接结果提取特征
第14节特征构建基础
15
第15节
结合自由能分解与原子接触特征
第15节结合自由能分解
16
第16节
基于Vina能量的特征构建
第16节Vina
17
第17节
利用RDKit计算配体化学描述符
第17节RDKit
18
第18节
受体口袋表面与形状特征提取
第18节受体口袋表面
19
第19节
分子动力学模拟与对接特征融合
第19节分子动力学模拟
20
第20节
机器学习模型训练——从Vina特征到…
第20节Vina
21
第21节
特征选择与降维（PCA · RF重要性）
第21节PCA
22
第22节
集成学习方法（随机森林 · XGBoost）优化Vina结果
第22节集成学习方法
23
第23节
深度学习模型（GNN）用于对接打分优…
第23节GNN
24
第24节
参数优化与特征构建协同策略设计
第24节参数优化
25
第25节
案例实战——HIV蛋白酶抑制剂虚拟筛…
第25节HIV
26
第26节
案例实战——EGFR抑制剂参数调优与…
第26节EGFR
27
第27节
高通量虚拟筛选中的时间与精度平衡
第27节高通量虚拟筛选
28
第28节
常见问题与避坑指南（坐标系错误 · 参数陷阱等）
第28节常见问题
29
第29节
使用AutoDock Vina的Py…
第29节AutoDock
30
第30节
课程总结与未来方向（自由能微扰 · AlphaFold3对接）
第30节课程总结