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本课程属于：044-分子对接筛选特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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AutoDock Vina搜索范围参数设置技巧

共计 30 章节
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01
AutoDock Vina简介
软件背景 · 应用场景与基本流程
AutoDockVina
02
搜索范围参数概述
center_x/y/z和size_…
搜索范围参数概述center
03
受体准备工作
从PDB文件到pdbqt格式的转换技…
受体准备工作PDB
04
配体准备工作
处理多构象 · 加氢 · 电荷分配
配体准备工作处理多构象
05
确定结合口袋
基于文献 · 实验数据或计算预测
确定结合口袋基于文献
06
手动设置搜索中心
从已知配体坐标推导
手动设置搜索从已知配体坐标推…
07
使用AutoGrid自动生成网格参数
使用AutoGrid自动生成网格参数 · 核心概念 · 实践要点
AutoGrid使用
08
搜索框大小的经验法则
根据配体大小调整
搜索框大小的经验…根据配体大小调整
09
搜索框大小对对接结果的影响
过大过小的利弊
搜索框大小对对接…过大过小的利弊
10
搜索框中心偏移技巧
确保覆盖活性位点
搜索框心偏移技巧
11
多区域搜索
针对大口袋或柔性残基的策略
多区域搜索针对大口袋或柔性…
12
柔性对接与搜索范围的关系
柔性残基的网格设置
柔性对接搜索范围的关系
13
exhaustiveness参数与搜索范围的权衡
exhaustiveness参数与搜索范… · 核心概念 · 实践要点
exhaustivene…参数
14
num_modes与搜索范围
合理设置输出构象数
nummodes
15
能量范围参数
要不要调整
能量范围参数要不要调整
16
种子随机性对结果的影响
如何固定随机种子
种子随机性对结果…如何固定随机种子
17
并行计算与搜索范围
多线程优化
并行计算搜索范围
18
批量对接中的搜索范围统一设置
批量对接中的搜索范围统一设置 · 核心概念 · 实践要点
批量对接搜索范围统一设置
19
绝对寻址与相对寻址
不同脚本中的坐标写法
绝对寻址相对寻址
20
使用Vina的--center_*和--size_*命令行技巧
使用Vina的--center_*和--… · 核心概念 · 实践要点
Vinacenter
21
可视化工具辅助设置
PyMOL · UCSF Chimera等
可视化工具辅助设…PyMOL
22
搜索范围参数常见错误及解决方法
搜索范围参数常见错误及解决方法 · 核心概念 · 实践要点
搜索范围参数常见…解决方法
23
案例一
小分子配体（<10 atoms）的搜…
案例一atoms
24
案例二
中等大小配体（10-30 atoms…
案例二atoms
25
案例三
大分子配体（>30 atoms）的特…
案例三atoms
26
案例四
含金属离子的受体对接参数调整
案例四含金属离子的受体…
27
案例五
水分子处理与搜索范围关系
案例五水分子处理
28
验证搜索范围正确性
重对接实验与RMSD计算
验证搜索范围正确…RMSD
29
搜索范围参数调优
Gridbox扫描方法
搜索范围参数调优Gridbox
30
总结与最佳实践
快速上手的参数模板
最佳实践快速上手的参数模…