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本课程属于：044-分子对接筛选特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。

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Vina分子对接参数敏感性与筛选结果评估

共计 30 章节

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Vina简介与安装

Vina的概述 · 发展历史 · 安装方法

分子对接基础

对接原理 · 锁钥模型 · 诱导契合

分子对接基础对接原理

输入文件准备

PDB文件 · PDBQT文件 · 配置文件格式

输入文件准备PDB

受体与配体预处理

去除水分子 · 加氢 · 计算电荷

受体配体预处理

配置文件参数详解

receptor · ligand · center_x/y/z

配置文件参数详解receptor

exhaustiveness参数的影响

计算成本与结果稳定性的权衡 · 推荐范围及项目经验

exhaustivene…参数的影响

num_modes参数的影响

输出模式数量对姿势多样性的影响 · 如何选择合适值

energy_range参数的影响

能量阈值对姿势筛选的作用 · 避免遗漏或冗余

搜索空间设置的影响

box大小 · 中心位置对对接精度和采样充分性的影响

搜索空间设置的影…box

种子随机性的影响

随机种子对结果可重复性的影响 · 如何固定种子对比实验

种子随机性的影响随机种子对结果可…

打分函数的选择

Vina内置评分函数 · 与X-Score等外部函数的对比

打分函数的选择Vina

柔性残基定义的影响

柔性残基数量与位置对结合模式预测的影…

柔性残基定义的影…柔性残基数量

对接结果聚类分析

聚类算法（RMSD阈值） · 代表性姿势选取

对接结果聚类分析RMSD

参数筛选实验设计

单因素实验 · 正交实验 · 响应面法等设计方法

参数筛选实验设计单因素实验

批量对接与参数扫描

shell脚本批量提交 · 参数网格扫描 · 结果自动提取

批量对接参数扫描

参数对结合能的影响

不同参数组合下结合能变化趋势与显著性…

参数对结合能的影…不同参数组合下结…

参数对对接姿势的影响

姿势稳定性 · RMSD分布 · 关键相互作用保留程度

参数对对接姿势的…姿势稳定性

参数对计算时间的影响

各参数对CPU时间的贡献 · 实际项目中的时间预算

参数对计算时间的…CPU

参数对精度的权衡

如何平衡速度与精度 · 推荐“黄金参数”组合

参数对精度的权衡如何平衡速度

常见参数组合推荐

针对不同体系（小分子 · 多肽 · 蛋白）的推荐参数

常见参数组合推荐针对不同体系

实际案例一

激酶抑制剂对接——参数筛选优化结合姿…

实际案例一激酶抑制剂对接

实际案例二

蛋白-蛋白相互作用对接——exhau…

实际案例二exhau

结果评估指标

RMSD · 结合能 · 氢键数量

结果评估指标RMSD

参数敏感性分析

单参数扰动 · 全局敏感性分析方法（Sobol · Morris）

参数敏感性分析单参数扰动

自动化参数优化脚本

Python实现基于网格搜索的自动调…

自动化参数优化脚…Python

多参数协同效应

exhaustiveness与siz…

多参数协同效应exhaustivene…

参数筛选的统计方法

t检验 · ANOVA · 多重比较校正

参数筛选的统计方…t检验

可视化对接结果

使用PyMOL/Chimera展示参…

可视化对接结果PyMOL/Chimer…

常见问题与错误处理

参数不收敛 · 结果异常 · 内存不足等解决方案

常见问题错误处理

总结与最佳实践

典型工作流 · 参数选择决策树 · 未来发展方向

最佳实践典型工作流