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PDB与SDF文件预处理技巧

共计 30 章节

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PDB与SDF文件格式概述

PDB历史 · 数据结构 · SDF历史

开发环境配置

conda创建环境 · 安装Biopython · RDKit

开发环境配置conda

使用Biopython读取PDB文件

Parser类 · 获取模型 · 链

使用RDKit读取SDF文件

Chem.SDMolSupplier · 遍历分子 · 提取属性

处理多模型PDB文件

NMR结构 · 轨迹文件 · 分离模型

PDB处理多模型

处理多分子SDF文件

批量迭代 · 内存管理

SDF处理多分子

去除水分子 · 配体 · 离子等非标准残基

数据清洗去除水分子

去除溶剂分子 · 保留蛋白或小分子

数据清洗去除溶剂分子

补充缺失原子

使用OpenBabel或RDKit的…

补充缺失原子OpenBabel

处理无序残基

选择占据率最高的构象

处理无序残基选择占据率最高的…

修复残缺结构

缺失侧链的补充（调用SCWRL等工具…

修复残缺结构SCWRL

标准化原子命名

统一PDB与SDF的原子名规则

标准化原子命名PDB

分子电荷计算

Gasteiger · MMFF电荷分配 · 写入SDF

分子电荷计算Gasteiger

计算分子描述符

logP · 分子量 · 氢键供受体等（RDKit）

计算分子描述符logP

计算分子指纹

ECFP · MACCS · FCFP

计算分子指纹ECFP

三维构象生成

从SMILES或2D生成3D坐标（R…

三维构象生成SMILES

构象聚类与筛选

RMSD聚类 · 选取代表性构象

构象聚类筛选

PDB转SDF · SDF转PDB · 保留所有信息

格式转换PDB

SDF转MOL2 · PDB转PDBQT（用于对接）

格式转换SDF

批量处理与并行化

使用multiprocessing或…

批量处理并行化

文件合并与分割

将多个SDF合并 · 或将一个SDF按分子拆分

文件合并分割

处理错误文件

异常捕获 · 记录日志 · 跳过损坏文件

处理错误文件异常捕获

大文件高效处理

使用迭代器 · 流式读取 · 避免内存溢出

大文件高效处理使用迭代器

数据标准化

检查并修正常见命名错误（链ID · 残基编号）

数据标准化ID

添加属性信息

从文件名或外部文件读取标签 · 写入SDF属性

添加属性信息从文件名或外部文…

与机器学习框架交互

生成特征矩阵 · 用于Scikit-learn · PyTorch

机器学习框架交互生成特征矩阵

数据集划分

按结构相似性划分训练/验证/测试集（… · 骨架分割）

数据集划分按结构相似性划分…

制备蛋白质-配体复合物数据集（PDB…

从ZINC下载SDF清洗后生成ML输…

常见问题与调试技巧

Unicode错误 · 文件编码 · 坐标精度

常见问题调试技巧