2. 搜索范围参数概述：center_x/y/z 和 size_x/y/z 的含义

好，咱们正式开始聊参数。上一章我提过，AutoDock Vina 本质上是个空间搜索问题。你的配体分子，在受体的口袋里怎么放、怎么转，才能让能量最低？

搜索范围就是告诉 Vina：你在这个框里找就行，别跑远了。

这个框由两组参数定义——center 和 size。说白了，就是一个三维空间里的 立方体盒子。

2.1 center_x/y/z：盒子的中心点

三个维度：x、y、z。单位是埃（Å）。

这个值告诉你盒子的几何中心在哪儿。我刚开始做对接的时候，习惯把中心直接对准受体口袋的质心。后来发现，有些口袋形状不规则，质心不一定就是最优搜索起点。

怎么定？看你的受体结构文件（通常是 .pdbqt）。用 PyMOL 或者 Chimera 量一下口袋中心坐标，填进去就行。

一个简单的例子：

center_x = 15.0
center_y = 22.5
center_z = -3.8

这就是盒子中心在 (15.0, 22.5, -3.8) 这个点。

2.2 size_x/y/z：盒子的边长

同样是三个维度，单位也是埃（Å）。

它定义了盒子在 x、y、z 三个方向的长度。注意，是对称地往两边延伸。比如 size_x = 20，那盒子在 x 轴方向上，从中心往左 10 Å，往右 10 Å。

嗯，这里有个常见坑——盒子太小。

所以，size 必须大于配体最长轴。一般我建议至少大 2-3 Å，给旋转留点余量。

2.3 为什么是两个三元组？

你想想看，只用 center，盒子就定不了大小；只用 size，盒子就不知道往哪儿放。两者缺一不可。

它们的关系可以用一张图说清楚：

盒子左边界 = center_x - size_x / 2
盒子右边界 = center_x + size_x / 2

// y 和 z 同理

2.4 参数速查表

2.5 一个完整的配置示例

比如你有个受体，口袋中心大约在 (12.5, -4.3, 8.0)，配体最长轴约 18 Å。配置文件这么写：

receptor = receptor.pdbqt
ligand = ligand.pdbqt

center_x = 12.5
center_y = -4.3
center_z = 8.0

size_x = 22
size_y = 22
size_z = 22

exhaustiveness = 8
num_modes = 9
energy_range = 3.0

size 设成 22，比配体的 18 大了 4 Å。两侧各多 2 Å，旋转空间够了。

注意看，exhaustiveness 和 num_modes 我也顺手写上了，这些后面章节会细聊。今天先记住：找对 center，给足 size。