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分子对接参数优化与特征构建协同教程

共计 30 章节

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分子对接概述

基本原理 · 应用场景与常用软件

分子对接概述基本原理

分子对接参数介绍

搜索算法 · 评分函数与柔性设置

分子对接参数介绍搜索算法

参数优化的重要性

对接精度与效率的平衡

参数优化的重要性对接精度

传统参数优化方法

网格搜索与随机搜索

传统参数优化方法网格搜索

基于贝叶斯优化的参数优化

基于贝叶斯优化的参数优化 · 核心概念 · 实践要点

基于贝叶斯优化的…重点

遗传算法在对接参数优化中的应用

遗传算法在对接参数优化中的应用 · 核心概念 · 实践要点

遗传算法对接参数优化

粒子群优化算法优化对接参数

粒子群优化算法优化对接参数 · 核心概念 · 实践要点

粒子群优化算法优…重点

模拟退火算法在参数优化中的实践

模拟退火算法在参数优化中的实践 · 核心概念 · 实践要点

模拟退火算法参数优化

多目标优化

同时优化精度与速度

多目标优化同时优化精度

特征构建基础

分子描述符 · 指纹与图特征

特征构建基础分子描述符

基于物理的分子特征

静电 · 范德华与氢键

基于物理的分子特…静电

基于机器学习的特征提取

自动编码器与图神经网络

基于机器学习的特…自动编码器

特征选择方法

过滤式 · 包裹式与嵌入式

特征选择方法过滤式

PCA · t-SNE与UMAP

特征降维PCA

分子对接中的特征重要性分析

分子对接中的特征重要性分析 · 核心概念 · 实践要点

分子对接特征重要性分析

参数与特征的协同关系探讨

参数与特征的协同关系探讨 · 核心概念 · 实践要点

参数特征的协同关系探…

基于协同优化的框架设计思路

基于协同优化的框架设计思路 · 核心概念 · 实践要点

基于协同优化的框…重点

构建训练数据集（对接结果与特征）

数据准备构建训练数据集

机器学习模型选择

随机森林 · XGBoost与神经网络

机器学习模型选择随机森林

模型训练与评估

交叉验证 · AUC与RMSE

模型训练评估

参数优化代理模型（Surrogate Model）构建

参数优化代理模型（Surrogate M… · 核心概念 · 实践要点

主动学习策略在参数优化中的应用

主动学习策略在参数优化中的应用 · 核心概念 · 实践要点

主动学习策略参数优化

特征工程与参数优化的联合优化方法

特征工程与参数优化的联合优化方法 · 核心概念 · 实践要点

特征工程参数优化的联合优…

针对特定靶点的参数优化

案例研究针对特定靶点的参…

基于深度学习的特征构建

案例研究基于深度学习的特…

参数-特征协同优化提高虚拟筛选效率

案例研究参数

工具与平台

AutoDock-GPU · DeepChem与PyTorch

如何合理设计对比实验

实验设计如何合理设计对比…

常见问题与调试技巧

常见问题与调试技巧 · 核心概念 · 实践要点

常见问题调试技巧

自动化机器学习（AutoML）与分子…

未来展望AutoML