VIP20
本课程属于：044-分子对接筛选特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

分子对接参数与特征协同构建学习资料

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
分子对接概述
分子对接的定义 · 发展历史 · 主要应用场景（药物发现
分子对接概述分子对接的定义
02
受体结构准备
从PDB获取 · 缺失残基修复 · 加氢与质子化状态
受体结构准备PDB
03
配体结构准备
2D到3D转换 · 构象生成 · 电荷计算
配体结构准备2D到3D转换
04
格点参数设置
Grid Box大小与位置 · 格点分辨率 · 格点类型（静电
格点参数设置Grid
05
搜索算法参数
遗传算法种群数 · 最大迭代 · 突变率
搜索算法参数遗传算法种群数
06
打分函数原理
力场打分（AMBER · CHARM） · 经验打分（ChemScore）
打分函数原理AMBER
07
打分函数参数调优
权重调整 · 截断距离 · 惩罚项设置
打分函数参数调优权重调整
08
柔性对接参数
侧链柔性处理 · 柔性残基选择 · 扭转角设置
柔性对接参数侧链柔性处理
09
水分子与辅因子处理
保留水分子策略 · 水分子方向优化 · 辅因子参数
水分子辅因子处理
10
对接结果聚类
RMSD阈值选择 · 聚类算法（层次 · DBSCAN）
对接结果聚类RMSD
11
对接结果排序与评估
结合能排序 · 结合模式分析 · 可视化检查
对接结果排序评估
12
对接验证指标
Enrichment Factor · ROC-AUC · 命中率（Hit Rate）
对接验证指标Enrichment
13
分子动力学模拟后处理
对接复合物MD模拟 · MM/GBSA计算 · 熵贡献
分子动力学模拟后…MD
14
分子描述符基础
2D描述符（分子量 · LogP · HBA/HBD）
分子描述符基础2D描述符
15
分子指纹
MACCS · ECFP4 · FCFP6
分子指纹MACCS
16
特征选择方法
方差过滤 · 卡方检验 · 互信息
特征选择方法方差过滤
17
机器学习模型构建
随机森林 · 支持向量机 · XGBoost
机器学习模型构建随机森林
18
特征协同策略
对接分数与描述符融合 · 多模态特征拼接 · 注意力机制
特征协同策略对接分数
19
多任务与迁移学习
同时预测活性与ADMET · 预训练模型微调
多任务迁移学习
20
图神经网络
分子图表示 · GCN/GAT · 对接构象图特征
图神经网络分子图表示
21
深度学习打分函数
DeepDock · OnionNet · AEScore架构解析
深度学习打分函数DeepDock
22
超参数优化
网格搜索 · 随机搜索 · 贝叶斯优化（Hyperopt
超参数优化网格搜索
23
数据不平衡处理
过采样（SMOTE） · 欠采样 · 加权损失函数
数据不平衡处理SMOTE
24
虚拟筛选流程
从对接参数设定到候选化合物输出与排序
虚拟筛选流程从对接参数设定到…
25
自动化流水线工具
PyRx · AutoDock Vina脚本 · DockingPipeline
自动化流水线工具PyRx
26
案例分析
针对特定靶点（如HIV蛋白酶）进行参…
案例分析HIV
27
高级话题
蛋白质-肽对接参数 · 核酸小分子对接设置
高级话题蛋白质
28
最新研究
AI辅助对接参数预测（ParamNe… · 生成式设计
最新研究AI
29
实验验证与迭代
体外实验反馈 · 参数调整 · 模型迭代流程
实验验证迭代
30
总结与未来展望
当前挑战（柔性 · 溶剂效应） · 发展方向
未来展望当前挑战