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本课程属于：042-单细胞转录组特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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单细胞RNA-seq清洗与质控教程

共计 30 章节
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01
单细胞RNA-seq简介
技术原理 · 应用场景 · 常见平台（10x Genomics
RNA-seq单细胞
02
实验设计与注意事项
样本制备 · 细胞捕获效率 · 批次效应来源
实验设计注意事项
03
数据格式与获取
FASTQ格式详解 · SRA/GEO数据库下载 · Cell Ranger输出结构
数据格式获取
04
原始数据质量评估
FastQC使用 · 序列质量分数 · GC含量
原始数据质量评估FastQC
05
接头与低质量序列处理
Trimmomatic/cutada… · 双端测序处理
接头低质量序列处理
06
比对与计数矩阵生成
STAR比对 · Cell Ranger count流… · BAM文件解读
比对计数矩阵生成
07
基因表达矩阵基础
稀疏矩阵格式（h5/mtx） · 细胞条形码与UMI去重
基因表达矩阵基础h5/mtx
08
Seurat对象创建
Read10X · CreateSeuratObject · 初始化质控指标
Seurat对象创建
09
质控指标详解
基因数 · UMI数 · 线粒体比例
质控指标详解基因数
10
细胞初步过滤
阈值设定方法 · 异常值识别 · 基于小提琴图的决策
细胞初步过滤阈值设定方法
11
基因过滤策略
低表达基因去除 · 最小细胞表达数 · 高线粒体基因处理
基因过滤策略低表达基因去除
12
双细胞检测
Scrublet · DoubletFinder原理与参数…
双细胞检测Scrublet
13
数据标准化
LogNormalize · SCTransform · CLR变换对比
数据标准化LogNormalize
14
高变基因选择
方差稳定化变换 · Seurat FindVariabl…
高变基因选择方差稳定化变换
15
降维与PCA
主成分计算 · 肘部图 · JackStraw评估
PCA降维
16
批次效应检测
PCA可视化 · UMAP聚类观察 · 批次标签混淆
批次效应检测PCA
17
批次校正方法
Seurat CCA整合 · Harmony · MNN矫正
批次校正方法Seurat
18
数据整合实战
多样本合并 · 锚点识别 · 整合后的质控评估
数据整合实战多样本合并
19
细胞聚类
Louvain/Leiden算法 · 分辨率选择 · 聚类结果验证
细胞聚类Louvain/Leid…
20
差异表达分析
FindAllMarkers · ROC分析 · p值校正
差异表达分析FindAllMarke…
21
细胞类型注释
手动注释（已知marker基因） · 自动注释（SingleR · CellTypist）
细胞类型注释marker
22
可视化工具
UMAP/t-SNE绘制 · FeaturePlot · VlnPlot
可视化工具UMAP/t-SNE
23
质控报告生成
QC metrics表格 · 多维质控图 · 过滤前后对比
质控报告生成QC
24
线粒体与核糖体处理
进一步过滤策略 · 细胞状态影响 · 高级过滤
线粒体核糖体处理
25
细胞周期效应校正
CellCycleScoring · regress out CellCy…
细胞周期效应校正CellCycleSco…
26
数据过滤后评估
基因数分布 · 线粒体比例分布 · 聚类稳定性
数据过滤后评估基因数分布
27
常见问题与陷阱
空滴 · 多细胞 · 环境RNA
常见问题陷阱
28
自动化流程搭建
Snakemake/Nextflow… · Docker环境
自动化流程搭建Snakemake/Ne…
29
实战案例解析
PBMC数据从头处理 · 参数选择与结果解读
实战案例解析PBMC
30
课程总结与进阶
空间转录组质控 · 多组学整合 · 未来方向
课程总结进阶