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Marker基因驱动的细胞注释技巧

共计 30 章节
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01
单细胞测序技术简介与细胞注释概述
包括单细胞RNA测序原理 · 细胞注释的定义与重要性
单细胞测序技术简…细胞注释概述
02
Marker基因的基本概念与生物学意义
Marker基因的特征 · 在细胞鉴定中的作用
Marker基因的基本概念
03
单细胞数据预处理
原始数据格式 · 质量控制（QC）指标与过滤
单细胞数据预处理原始数据格式
04
标准化与归一化方法
LogNormalize · SCTransform等技术的原理与…
标准化归一化方法
05
高变基因选择与主成分分析（PCA）
特征选择 · 降维原理及参数设置
PCA高变基因选择
06
聚类分析基础
Louvain · Leiden算法原理与细胞聚类操作
聚类分析基础Louvain
07
差异表达分析鉴定Marker基因
Wilcoxon秩和检验 · MAST等方法的实现
Marker差异表达分析鉴定
08
常用Marker基因数据库
CellMarker · PanglaoDB · JetSet等资源介绍
Marker常用
09
基于先验知识的手动注释
利用已知Marker基因列表进行细胞…
基于先验知识的手…Marker
10
自动注释工具概览
SingleR · CellTypist · scCATCH
自动注释工具概览SingleR
11
SingleR详解
参考构建 · 预测原理与实战代码
SingleR参考构建
12
CellTypist详解
模型训练 · API调用与结果解读
CellTypist模型训练
13
scCATCH与SCINA的使用
基于文本挖掘的注释方法
scCATCHSCINA
14
基于参考图谱的注释
Seurat的FindTransfe…
基于参考图谱的注…Seurat
15
多组学整合注释
联合scRNA-seq与scATAC…
多组学整合注释scRNA-seq
16
Marker基因验证策略
基因表达可视化 · 功能富集分析 · 空间验证
Marker基因验证策略
17
细胞亚型精细注释
利用亚型特异性Marker区分相似细…
细胞亚型精细注释Marker
18
罕见细胞类型鉴定
提高灵敏度的方法与注意事项
罕见细胞类型鉴定提高灵敏度的方法
19
注释结果的可视化（UMAP、特征图、气泡图）
使用Seurat/Scanpy绘制
UMAP注释结果的可视化
20
细胞注释质量评估
混淆矩阵 · 置信分数 · 专家复核流程
细胞注释质量评估混淆矩阵
21
批次效应校正对注释的影响
Harmony · scVI · Seurat CCA的应用
批次效应校正对注…Harmony
22
跨平台/跨物种注释
方法选择与潜在陷阱
跨平台跨物种注释
23
使用Seurat进行Marker基因驱动的注释
完整工作流程代码演示
SeuratMarker
24
使用Scanpy进行Marker基因驱动的注释
Python生态下的实现
ScanpyMarker
25
案例实战1
PBMC数据集从头注释（手动+自动）
案例实战1PBMC
26
案例实战2
肿瘤免疫微环境中的T细胞亚群注释
案例实战2肿瘤免疫微环境
27
案例实战3
发育时间序列数据的跨时期细胞注释
案例实战3发育时间序列数据…
28
常见问题与避坑指南
假阳性Marker · 低质量聚类 · 批次效应混淆
常见问题避坑指南
29
自动化注释流程搭建
Snakemake · Nextflow pipeline设…
自动化注释流程搭…Snakemake
30
未来趋势与进阶方向
大语言模型辅助注释 · 空间转录组注释
未来趋势进阶方向